| 查看: 2609 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
敏sunflower金虫 (小有名气)
|
[求助]
Amorphous Cell建立模型结束，但状态显示Error已有2人参与
|
||
|
急需大侠们的帮助！最近在用Amorphpus Cell-calculation建立模型，显示Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。 我想问的是： 一，我在设置参数的时候并没有设定 maximum（50000kcal/mol）这个数值啊，不知道应该怎么做才能使运算正确那？ 二，在Amorphous cell options中有一项是optimize geometry，这个在建模型的时候是否需要选择那？ 假如有这样两个方案：1.在建立模型是选上optimize geometry；2.不选optimize geometry，但在建立模型之后进行forcite-geometry optimization，构型优化时，两方案参数设置相同，不知道做出来是否 有区别那？ 三，假如上面两方案没有区别，是不是就是说在建立模型时若是选择Amorphous cell options---optimize geometry，就不用再使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化了？  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 |
» 猜你喜欢
国内期刊审稿人数量
已经有6人回复
-
北大教授何怀宏曾如此描述他的同行
已经有13人回复
-
论文返修状态变成了awaiting AE recommendation
已经有14人回复
-
我感觉当老师好累啊。。
已经有12人回复
-
和导师撕破脸了
已经有21人回复
-
有没有要一起买VASP版权的，可以6个人
已经有7人回复
-
求助！请问海外博后依托内地单位申请青基的优劣？
已经有9人回复
-
这种人痛苦吗
已经有14人回复
-
评正教授需要两个国家级项目，有人用子课题糊弄，结果在评审前资格公示时被举报拿下了
已经有31人回复
-
chemical science和advanced science哪个好一点
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Amorphous cell-construction中的number of configuration的值设置多少为好？
已经有6人回复
- 如何在MS软件中截平面图？
已经有3人回复
- 关于amorphous cell 构建完后的体系选择frame的问题
已经有7人回复
- materials studio6.0第一次打开时的对话框里的选项如何选择？？？
已经有3人回复
- MS建立如图所示的模型
已经有6人回复
- 聚合物链建晶胞时，Amorphous Cell模块没法用，求解释
已经有9人回复
- 用Forcite模块对盒子中的聚合物进行退火处理出错
已经有17人回复
- 求助MS中怎么修改晶格矢量的直角坐标
已经有10人回复
- 自由液面（如图）边界条件设置
已经有6人回复
- 【求助】求教DPD高手怎样用amorphous cell计算Flory huggins参数
已经有8人回复
- 【求助】outflow边界条件与pressure out边界条件如何选择？
已经有15人回复
- 【求助】MS中建立amorphous cell时如何修改其周期边界条件
已经有13人回复
- 【求助】如何建立溶液模型？
已经有7人回复
- 【求助】MS的Amorphous cell使用出问题
已经有16人回复
- 【求助】用Amorphous Cell Construction建模的问题
已经有8人回复
- 【求助】请教一个问题，如何建立超晶包2*2sqrt（3）*sqrt（3），也就是非整数的，谢谢
已经有5人回复
- 【求助成功】MS Amorphous Cell 建模问题
已经有14人回复
- 【转帖】Materials Studio5.0中的新技术
已经有28人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-19 09:02:42
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:39
感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-19 09:02:42
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:39
|
我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化。 1 maximum（50000kcal/mol）是默认的 ，可以通过打开对应的对话框修改 2 两方案参数设置相同，结果不会有太大区别。只是构建模型的时候使用几何优化比较耗时，而且你都没有运行成功，所以还是试试先构建再用forcite或discover模块优化 3 是的 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
敏sunflower2楼2013-12-18 14:43:29
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
敏sunflower: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-19 11:08:51
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:53
敏sunflower: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-19 11:08:51
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:53
|
1 我安装的是6.0，打开discover dynamics，，这个值就是你所需要的。 至于你为什么找不到，估计是软件安装不正确。 2 Discover模块中有minimization和dynamics，minimization与优化结构差不多，都可以优化结构，看手册上的详细定义加以理解 3我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，没有用calculation自然没有选择几何优化。然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化 |
5楼2013-12-19 09:44:11
7楼2013-12-19 16:00:30
10