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敏sunflower金虫 (小有名气)
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[求助]
Amorphous Cell建立模型结束，但状态显示Error 已有2人参与
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急需大侠们的帮助！最近在用Amorphpus Cell-calculation建立模型，显示Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。 我想问的是： 一，我在设置参数的时候并没有设定 maximum（50000kcal/mol）这个数值啊，不知道应该怎么做才能使运算正确那？ 二，在Amorphous cell options中有一项是optimize geometry，这个在建模型的时候是否需要选择那？ 假如有这样两个方案：1.在建立模型是选上optimize geometry；2.不选optimize geometry，但在建立模型之后进行forcite-geometry optimization，构型优化时，两方案参数设置相同，不知道做出来是否 有区别那？ 三，假如上面两方案没有区别，是不是就是说在建立模型时若是选择Amorphous cell options---optimize geometry，就不用再使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化了？  |
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【答案】应助回帖
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我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化。 1 maximum（50000kcal/mol）是默认的 ，可以通过打开对应的对话框修改 2 两方案参数设置相同，结果不会有太大区别。只是构建模型的时候使用几何优化比较耗时，而且你都没有运行成功，所以还是试试先构建再用forcite或discover模块优化 3 是的 |
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2楼2013-12-18 14:43:29
敏sunflower
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【答案】应助回帖
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1 我安装的是6.0，打开discover dynamics，，这个值就是你所需要的。 至于你为什么找不到，估计是软件安装不正确。 2 Discover模块中有minimization和dynamics，minimization与优化结构差不多，都可以优化结构，看手册上的详细定义加以理解 3我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，没有用calculation自然没有选择几何优化。然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化 |
5楼2013-12-19 09:44:11
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8楼2013-12-19 17:13:22
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你好，之前你的回复令我受益很多。我还想向你请教关于建模的问题。在建立模型时，使用Amorphpus Cell-calculation，没有选择optimize geometry，但是仍然出现了与上面相同的问题，描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。与求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不选择optimize geometry时能量偏差为8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道现在应该怎么做才能成功建立模型，1.是应该在选择optimize geometry时，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为90000（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 还是2.不选择optimize geometry，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为9*10^7（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 但是如果这样修改的话就会出现一个问题：将NPT默认值50000kcal/mol修改为其他值，是在前面建模过程失败，并提示能量偏差大于NPT默认值的情况下进行的。难道每次建模型都要这样不断尝试修改NPT默认值吗？ |
9楼2014-01-10 10:32:04
10楼2018-11-16 10:09:02
