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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 如何利用lammps做粗粒化
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missingwudi

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何利用lammps做粗粒化已有1人参与

本人最近想利用lammps做粗粒化，找了好多相关资料后发现都是用gromacs做的。本人对粗粒化的了解不是很深。
我理解的是有两种方法：1、利用ms搭建全原子构型，通过vmd粗粒化，得到data文件放入lammpss中进行计算，但是lammps中的力场参数不知道怎么弄
2，利用ms里面的mesostructure来搭建珠子，然后生成data文件，用lammps计算。我不清楚我的理解是不是对的。希望大牛的指点。同时对于这些细节性的操作也没操作过，很是迷茫。跪求
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1楼2015-01-20 14:45:16
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
missingwudi(abinitio代发): 金币+5, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:26:07
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是：
lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果你想先做all-atom的模拟，然后建立粗粒化的力场之后再做动力学模拟，模拟的部分可以拿Lammps来做，中间构建粗粒化力场的部分可以用VOTCA （= build coarse-grained models for LAMMPS ） : http://lammps.sandia.gov/offsite.html#votca

另外lammps也支持如DPD, Lattice Boltzmann, MPCD 在内的粗粒化（介观尺度）模拟方法。
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missingwudi
好好学习，天天向上。
2楼2015-01-21 09:56:35
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missingwudi

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ktwyw at 2015-01-21 09:56:35
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是：
lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果 ...

非常感谢你的回答，我想做的是将吸附剂粗粒化（硬珠子）所以利用dpd不是很合适，我现在不知道如何下手，就是用ms搭建后如何粗粒化，如何在in文件中分配力场（不知道那种力场合适），前辈有现场的例子吗？能发给我吗？万分感激
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3楼2015-01-21 14:52:38
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
楼主，看的出您之前都是用MS做全原子的，现在想粗粒化。我也是类似的情况。
首先，粗粒化的建模和全原子和MS是独立的，您没有必要非要将它们扯在一起，建模有很多方法，您说的通过MS建模然后转化只是其中一种，而且这种方法对于蛋白质DNA这种结构单元比较固定的高分子才好用。根据您的体系和粗粒化程度，都需要适合您的建模方法及势函数的调用，个人感觉光靠自己摸索比较难，最好有人指导，而且是一个积累的过程，愿与楼主共勉。
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8楼2015-03-09 15:06:19
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bmnce

铜虫 (小有名气)
顶一下，顺便请问楼主搞懂了没？
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10楼2015-04-17 10:08:33
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普通回帖

missingwudi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ktwyw at 2015-01-21 09:56:35
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是：
lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果 ...

关于VOTCA这个网站我打不开，不知道为什么
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4楼2015-01-21 15:00:21
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ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
missingwudi: 金币+30, ★★★很有帮助, 非常感谢你，有些思路了 2015-01-22 09:27:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by missingwudi at 2015-01-21 14:52:38
非常感谢你的回答，我想做的是将吸附剂粗粒化（硬珠子）所以利用dpd不是很合适，我现在不知道如何下手，就是用ms搭建后如何粗粒化，如何在in文件中分配力场（不知道那种力场合适），前辈有现场的例子吗？能发给我吗 ...

这方面文献很多，有各种粗粒化的策略，不过我自己没做过，帮不了你

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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好好学习，天天向上。
5楼2015-01-21 19:51:03
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Ergon

金虫 (著名写手)
楼主您好，不知道您的模型搭建好了吗，我最近也在做lammps粗粒化。因为课题组以前没弄过粗粒化（一直是在做全原子模拟），所以现在我也卡在搭建模型和势上。我曾尝试用MS的mesostructure搭建粗粒化模型，导出成car格式时，没有出现粗粒坐标。不知道楼主模型建好了吗？还请您做做指教。
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认真生活
6楼2015-02-05 10:39:51
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missingwudi

新虫 (初入文坛)
我还没弄好呢，不知道怎么下手。。。
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7楼2015-03-09 11:53:57
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pei小f

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-03-09 15:06:19
楼主，看的出您之前都是用MS做全原子的，现在想粗粒化。我也是类似的情况。
首先，粗粒化的建模和全原子和MS是独立的，您没有必要非要将它们扯在一起，建模有很多方法，您说的通过MS建模然后转化只是其中一种，而且 ...

我目前在用VMD对全原子模型粗粒化，想请问楼主，粗粒化的珠子半径在粗粒过程中该如何实现呢？
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9楼2015-04-14 15:55:11
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