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missingwudi新虫 (初入文坛)
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如何利用lammps做粗粒化 已有1人参与
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本人最近想利用lammps做粗粒化，找了好多相关资料后发现都是用gromacs做的。本人对粗粒化的了解不是很深。 我理解的是有两种方法：1、利用ms搭建全原子构型，通过vmd粗粒化，得到data文件放入lammpss中进行计算，但是lammps中的力场参数不知道怎么弄 2，利用ms里面的mesostructure来搭建珠子，然后生成data文件，用lammps计算。我不清楚我的理解是不是对的。希望大牛的指点。同时对于这些细节性的操作也没操作过，很是迷茫。跪求  |
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missingwudi(abinitio代发): 金币+5, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:26:07
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关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是： lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果你想先做all-atom的模拟，然后建立粗粒化的力场之后再做动力学模拟，模拟的部分可以拿Lammps来做，中间构建粗粒化力场的部分可以用VOTCA （= build coarse-grained models for LAMMPS ） : http://lammps.sandia.gov/offsite.html#votca 另外lammps也支持如DPD, Lattice Boltzmann, MPCD 在内的粗粒化（介观尺度）模拟方法。 |
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missingwudi
2楼2015-01-21 09:56:35
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