应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 如何利用lammps做粗粒化
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 7230  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

missingwudi

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何利用lammps做粗粒化 已有1人参与

本人最近想利用lammps做粗粒化，找了好多相关资料后发现都是用gromacs做的。本人对粗粒化的了解不是很深。
我理解的是有两种方法：1、利用ms搭建全原子构型，通过vmd粗粒化，得到data文件放入lammpss中进行计算，但是lammps中的力场参数不知道怎么弄
2，利用ms里面的mesostructure来搭建珠子，然后生成data文件，用lammps计算。我不清楚我的理解是不是对的。希望大牛的指点。同时对于这些细节性的操作也没操作过，很是迷茫。跪求
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-01-20 14:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

missingwudi

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ktwyw at 2015-01-21 09:56:35
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是：
lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果 ...

非常感谢你的回答，我想做的是将吸附剂粗粒化（硬珠子）所以利用dpd不是很合适，我现在不知道如何下手，就是用ms搭建后如何粗粒化，如何在in文件中分配力场（不知道那种力场合适），前辈有现场的例子吗？能发给我吗？万分感激
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-01-21 14:52:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
missingwudi(abinitio代发): 金币+5, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:26:07
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是：
lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果你想先做all-atom的模拟，然后建立粗粒化的力场之后再做动力学模拟，模拟的部分可以拿Lammps来做，中间构建粗粒化力场的部分可以用VOTCA （= build coarse-grained models for LAMMPS ） : http://lammps.sandia.gov/offsite.html#votca

另外lammps也支持如DPD, Lattice Boltzmann, MPCD 在内的粗粒化（介观尺度）模拟方法。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

missingwudi
好好学习，天天向上。
2楼2015-01-21 09:56:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

missingwudi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ktwyw at 2015-01-21 09:56:35
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是：
lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果 ...

关于VOTCA这个网站我打不开，不知道为什么
赞一下 回复此楼
4楼2015-01-21 15:00:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
missingwudi: 金币+30, ★★★很有帮助, 非常感谢你，有些思路了 2015-01-22 09:27:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by missingwudi at 2015-01-21 14:52:38
非常感谢你的回答，我想做的是将吸附剂粗粒化（硬珠子）所以利用dpd不是很合适，我现在不知道如何下手，就是用ms搭建后如何粗粒化，如何在in文件中分配力场（不知道那种力场合适），前辈有现场的例子吗？能发给我吗 ...

这方面文献很多，有各种粗粒化的策略，不过我自己没做过，帮不了你

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
5楼2015-01-21 19:51:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +41 xaw. 2026-04-11 42/2100 2026-04-14 20:05 by honglizhao
[考研] 279求调剂 +12 张番茄不炒蛋 2026-04-11 12/600 2026-04-14 15:38 by zs92450
[考研] 求调剂 +16 雪逢冬 2026-04-10 16/800 2026-04-14 14:27 by 逆水乘风
[考研] 人工智能320调剂08工类还有机会吗 +18 振—TZ 2026-04-10 19/950 2026-04-14 10:34 by screening
[考研] 22专硕求调剂 +8 haoyun上岸 2026-04-11 10/500 2026-04-13 22:15 by zhq0425
[考研] 考研二轮调剂 +10 故人?? 2026-04-09 10/500 2026-04-13 09:55 by szhize
[考研] 0831生医工第一轮调剂失败求助 +12 小熊睿睿_s 2026-04-11 16/800 2026-04-12 16:28 by 钰璞
[考研] 本科南方医科大学 一志愿985 药学学硕284分 求调剂 +5 弱水听文 2026-04-09 5/250 2026-04-12 13:16 by shengxi123
[考研] 280求调剂 +7 兮兮夜夜 2026-04-09 10/500 2026-04-12 00:33 by 蓝云思雨
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 求调剂 +6 电气300求调剂不 2026-04-08 6/300 2026-04-11 20:14 by 逆水乘风
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +16 叶zilin 2026-04-10 16/800 2026-04-11 11:04 by may_新宇
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 311求调剂 +13 xyp想读书 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:41 by 猪会飞
[考研] 085506-求调剂-285分 +3 雷欧飞踢 2026-04-08 3/150 2026-04-11 08:37 by zhq0425
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 0858求调剂 5+5 Gky09300550， 2026-04-10 8/400 2026-04-10 19:13 by chemisry
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 青岛科技大学材料学院，环境学院调剂补录4月10日以前都可以 +3 1青科大。 2026-04-09 5/250 2026-04-10 09:58 by 翩翩一书生
[考研] 招收有机化学、化工，药学，食品灯专业学生 +3 yrfhjgdj 2026-04-08 3/150 2026-04-09 10:15 by QYQX_123
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭