| 查看: 7234 | 回复: 16 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
missingwudi新虫 (初入文坛)
|
[求助]
如何利用lammps做粗粒化 已有1人参与
|
||
|
本人最近想利用lammps做粗粒化，找了好多相关资料后发现都是用gromacs做的。本人对粗粒化的了解不是很深。 我理解的是有两种方法：1、利用ms搭建全原子构型，通过vmd粗粒化，得到data文件放入lammpss中进行计算，但是lammps中的力场参数不知道怎么弄 2，利用ms里面的mesostructure来搭建珠子，然后生成data文件，用lammps计算。我不清楚我的理解是不是对的。希望大牛的指点。同时对于这些细节性的操作也没操作过，很是迷茫。跪求  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 |
» 猜你喜欢
291分调剂
已经有9人回复
-
调剂求收留
已经有34人回复
-
291 求调剂
已经有38人回复
-
22408 312求调剂
已经有17人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有6人回复
-
290调剂生物0860
已经有41人回复
-
291求调剂
已经有3人回复
-
211本科材料化工求调剂
已经有23人回复
-
山东省基金2026
已经有9人回复
-
药学求调剂
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS粗粒化模型如何导入lammps
已经有10人回复
- 粗粒化模拟求助
已经有6人回复
- 请问gromacs导入EAM势能函数的问题和lammps导入martini粗粒化力场的问题
已经有4人回复
- lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置 急求~!
已经有10人回复
- Gromacs粗粒化力场（自己写）
已经有11人回复
- 分子动力学模拟力场
已经有13人回复
- LAMMPS中meam势无法调用
已经有10人回复
- LAMMPS中Gnuplot的使用
已经有6人回复
- 请问势函数在lammps官网中怎么下载？
已经有6人回复
- 在Lammps中安装xmovie工具时，Makefile文件怎么修改X库路径
已经有3人回复
- 在LAMMPS中怎么控制温度变化速率
已经有4人回复
- 在LAMMPS中怎么建立图示的模型
已经有6人回复
- 【求助】请教分子动力学模拟软件选择
已经有11人回复
- 【讨论】lammps中利用velocity命令无法控制住速度问题
已经有11人回复
- 【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教
已经有4人回复
missingwudi
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 236.3
- 帖子: 41
- 在线: 27.4小时
- 虫号: 2548824
- 注册: 2013-07-16
- 专业: 化工热力学和基础数据
送红花一朵 
3楼2015-01-21 14:52:38
ktwyw
木虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 2727.6
- 散金: 500
- 红花: 41
- 帖子: 162
- 在线: 114.6小时
- 虫号: 143500
- 注册: 2005-12-22
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
missingwudi(abinitio代发): 金币+5, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:26:07
感谢参与，应助指数 +1
missingwudi(abinitio代发): 金币+5, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:26:07
|
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是： lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果你想先做all-atom的模拟，然后建立粗粒化的力场之后再做动力学模拟，模拟的部分可以拿Lammps来做，中间构建粗粒化力场的部分可以用VOTCA （= build coarse-grained models for LAMMPS ） : http://lammps.sandia.gov/offsite.html#votca 另外lammps也支持如DPD, Lattice Boltzmann, MPCD 在内的粗粒化（介观尺度）模拟方法。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2015-01-21 09:56:35
missingwudi
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 236.3
- 帖子: 41
- 在线: 27.4小时
- 虫号: 2548824
- 注册: 2013-07-16
- 专业: 化工热力学和基础数据
4楼2015-01-21 15:00:21
ktwyw
木虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 2727.6
- 散金: 500
- 红花: 41
- 帖子: 162
- 在线: 114.6小时
- 虫号: 143500
- 注册: 2005-12-22
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
5楼2015-01-21 19:51:03
5