| 查看: 7219 | 回复: 16 | |||
missingwudi新虫 (初入文坛)
|
[求助]
如何利用lammps做粗粒化 已有1人参与
|
||
|
本人最近想利用lammps做粗粒化，找了好多相关资料后发现都是用gromacs做的。本人对粗粒化的了解不是很深。 我理解的是有两种方法：1、利用ms搭建全原子构型，通过vmd粗粒化，得到data文件放入lammpss中进行计算，但是lammps中的力场参数不知道怎么弄 2，利用ms里面的mesostructure来搭建珠子，然后生成data文件，用lammps计算。我不清楚我的理解是不是对的。希望大牛的指点。同时对于这些细节性的操作也没操作过，很是迷茫。跪求  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 |
» 猜你喜欢
366求调剂
已经有9人回复
-
材料工程085601，270求调剂
已经有37人回复
-
279学硕食品专业求调剂院校
已经有18人回复
-
290调剂生物0860
已经有31人回复
-
一志愿085802 323分求调剂
已经有13人回复
-
277求调剂
已经有23人回复
-
322求调剂，08工科
已经有4人回复
-
材料工程281还有调剂机会吗
已经有30人回复
-
化学070300 求调剂
已经有16人回复
-
化工学硕294分，求导师收留
已经有12人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS粗粒化模型如何导入lammps
已经有10人回复
- 粗粒化模拟求助
已经有6人回复
- 请问gromacs导入EAM势能函数的问题和lammps导入martini粗粒化力场的问题
已经有4人回复
- lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置 急求~!
已经有10人回复
- Gromacs粗粒化力场（自己写）
已经有11人回复
- 分子动力学模拟力场
已经有13人回复
- LAMMPS中meam势无法调用
已经有10人回复
- LAMMPS中Gnuplot的使用
已经有6人回复
- 请问势函数在lammps官网中怎么下载？
已经有6人回复
- 在Lammps中安装xmovie工具时，Makefile文件怎么修改X库路径
已经有3人回复
- 在LAMMPS中怎么控制温度变化速率
已经有4人回复
- 在LAMMPS中怎么建立图示的模型
已经有6人回复
- 【求助】请教分子动力学模拟软件选择
已经有11人回复
- 【讨论】lammps中利用velocity命令无法控制住速度问题
已经有11人回复
- 【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教
已经有4人回复
ktwyw
木虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 2727.6
- 散金: 500
- 红花: 41
- 帖子: 162
- 在线: 114.6小时
- 虫号: 143500
- 注册: 2005-12-22
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
missingwudi(abinitio代发): 金币+5, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:26:07
感谢参与，应助指数 +1
missingwudi(abinitio代发): 金币+5, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:26:07
|
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是： lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果你想先做all-atom的模拟，然后建立粗粒化的力场之后再做动力学模拟，模拟的部分可以拿Lammps来做，中间构建粗粒化力场的部分可以用VOTCA （= build coarse-grained models for LAMMPS ） : http://lammps.sandia.gov/offsite.html#votca 另外lammps也支持如DPD, Lattice Boltzmann, MPCD 在内的粗粒化（介观尺度）模拟方法。 |
missingwudi
2楼2015-01-21 09:56:35
missingwudi
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 236.3
- 帖子: 41
- 在线: 27.4小时
- 虫号: 2548824
- 注册: 2013-07-16
- 专业: 化工热力学和基础数据
3楼2015-01-21 14:52:38
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6143.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 700.9小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
8楼2015-03-09 15:06:19
10楼2015-04-17 10:08:33
missingwudi
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 236.3
- 帖子: 41
- 在线: 27.4小时
- 虫号: 2548824
- 注册: 2013-07-16
- 专业: 化工热力学和基础数据
4楼2015-01-21 15:00:21
ktwyw
木虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 2727.6
- 散金: 500
- 红花: 41
- 帖子: 162
- 在线: 114.6小时
- 虫号: 143500
- 注册: 2005-12-22
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
5楼2015-01-21 19:51:03
Ergon
金虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1332.5
- 散金: 220
- 红花: 5
- 沙发: 2
- 帖子: 1553
- 在线: 105.5小时
- 虫号: 3295777
- 注册: 2014-06-27
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
6楼2015-02-05 10:39:51
missingwudi
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 236.3
- 帖子: 41
- 在线: 27.4小时
- 虫号: 2548824
- 注册: 2013-07-16
- 专业: 化工热力学和基础数据
7楼2015-03-09 11:53:57
9楼2015-04-14 15:55:11
