应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 如何利用lammps做粗粒化
51/1返回列表
查看: 7302  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

missingwudi

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何利用lammps做粗粒化 已有1人参与

本人最近想利用lammps做粗粒化，找了好多相关资料后发现都是用gromacs做的。本人对粗粒化的了解不是很深。
我理解的是有两种方法：1、利用ms搭建全原子构型，通过vmd粗粒化，得到data文件放入lammpss中进行计算，但是lammps中的力场参数不知道怎么弄
2，利用ms里面的mesostructure来搭建珠子，然后生成data文件，用lammps计算。我不清楚我的理解是不是对的。希望大牛的指点。同时对于这些细节性的操作也没操作过，很是迷茫。跪求
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-01-20 14:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
楼主，看的出您之前都是用MS做全原子的，现在想粗粒化。我也是类似的情况。
首先，粗粒化的建模和全原子和MS是独立的，您没有必要非要将它们扯在一起，建模有很多方法，您说的通过MS建模然后转化只是其中一种，而且这种方法对于蛋白质DNA这种结构单元比较固定的高分子才好用。根据您的体系和粗粒化程度，都需要适合您的建模方法及势函数的调用，个人感觉光靠自己摸索比较难，最好有人指导，而且是一个积累的过程，愿与楼主共勉。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2015-03-09 15:06:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
missingwudi(abinitio代发): 金币+5, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:26:07
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是：
lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果你想先做all-atom的模拟，然后建立粗粒化的力场之后再做动力学模拟，模拟的部分可以拿Lammps来做，中间构建粗粒化力场的部分可以用VOTCA （= build coarse-grained models for LAMMPS ） : http://lammps.sandia.gov/offsite.html#votca

另外lammps也支持如DPD, Lattice Boltzmann, MPCD 在内的粗粒化（介观尺度）模拟方法。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

missingwudi
好好学习，天天向上。
2楼2015-01-21 09:56:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

missingwudi

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ktwyw at 2015-01-21 09:56:35
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是：
lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果 ...

非常感谢你的回答，我想做的是将吸附剂粗粒化（硬珠子）所以利用dpd不是很合适，我现在不知道如何下手，就是用ms搭建后如何粗粒化，如何在in文件中分配力场（不知道那种力场合适），前辈有现场的例子吗？能发给我吗？万分感激
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-01-21 14:52:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

missingwudi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ktwyw at 2015-01-21 09:56:35
关于用lammps做粗粒化模拟，我的看法是：
lammps支持很多种形式的相互作用势函数(http://lammps.sandia.gov/doc/pair_style.html)，甚至是tabulated potentail, 所以利用粗粒化的势函数做MD模拟肯定是可以的。如果 ...

关于VOTCA这个网站我打不开，不知道为什么
赞一下 回复此楼
4楼2015-01-21 15:00:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂推荐 +9 小聂爱学习 2026-04-14 9/450 2026-04-19 17:03 by 中豫男
[考研] 291求调剂 +12 关忆北. 2026-04-14 13/650 2026-04-19 16:50 by 中豫男
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +10 lzmk 2026-04-14 11/550 2026-04-19 16:42 by 中豫男
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 6/300 2026-04-19 13:00 by Aaron_zyn
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 生物学调剂 +10 纸扇zhishan 2026-04-13 10/500 2026-04-18 21:19 by zqndavala
[考研] 320求调剂 +5 深郊akm 2026-04-17 5/250 2026-04-18 19:52 by 王珺璞
[考研] 297，工科调剂? +5 河南农业大学-能 2026-04-14 5/250 2026-04-18 15:17 by Equinoxhua
[考研] 22408 312求调剂 +24 门路摸摸 2026-04-14 26/1300 2026-04-18 13:04 by wunaiy88
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 化工学硕294分，求导师收留 +33 yzyzx 2026-04-12 37/1850 2026-04-17 23:00 by wunaiy88
[考研] 一志愿华中农业071010，320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[考研] 294求调剂 +7 淡然654321 2026-04-17 8/400 2026-04-17 16:36 by wutongshun
[考研] 一志愿沪9，生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
[考博] 申博自荐 +3 Linxia林夏 2026-04-13 3/150 2026-04-16 12:55 by 墨荷之露
[考研] 一志愿A区211，22408 321求调剂 +6 随心所欲☆ 2026-04-15 7/350 2026-04-15 21:45 by lbsjt
[考研] 通信工程求调剂！！！ +6 zlb770521 2026-04-14 6/300 2026-04-15 20:00 by 学员JpLReM
[考研] 085801电气专硕272求调剂 +19 电气李 2026-04-13 21/1050 2026-04-15 13:37 by 黑科技矿业
[考研] 考研调剂 +13 长弓傲 2026-04-13 14/700 2026-04-14 14:44 by zs92450
[考研] 考研英一数一338分 +9 长江大学东校区 2026-04-13 10/500 2026-04-14 00:41 by 王珺璞
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭