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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock vina 柔性对接求助
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higent998

新虫 (初入文坛)

[交流] autodock vina 柔性对接求助 已有6人参与

小虫学习autodock vina做酶与小分子底物的对接，根据视频教程已经学会做刚性对接，但是刚性对接时，酶与天然底物、人工底物对接模拟的效果不理想，现在尝试着做柔性对接。已经把柔性氨基酸残基、刚性部分设置好。目前面临的问题是，对接的conf.txt要怎么写？小虫新手，在window下做的，求大神指导,万谢！

刚性对接时的conf.txt是：

receptor = protein.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt

center_x = 81.19
center_y = -43.48
center_z = 2.38

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30
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1楼 2015-05-07 11:30:17
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higent998

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fan728516414 at 2015-05-07 20:37:23
out = all.pdbqt

但是柔性氨基酸残基和刚性部分分布是两个文件，可以和底物分子三个文件一起做对接吗？谢谢大神!!我是新手，各种不懂
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4楼2015-05-25 10:10:01
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pymol

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做柔性对接，不如跑MD吧
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2楼2015-05-07 16:26:27
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by higent998 at 2015-05-25 10:10:01
但是柔性氨基酸残基和刚性部分分布是两个文件，可以和底物分子三个文件一起做对接吗？谢谢大神!!我是新手，各种不懂...

vina做虚拟筛选还好，柔性残基最好用autodock图形界面Mgtools吧
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5楼2015-05-25 12:09:14
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higent998

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by longdlut at 2015-05-25 12:09:14
vina做虚拟筛选还好，柔性残基最好用autodock图形界面Mgtools吧...

谢谢，在用DMGtools摸索
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6楼2015-06-03 11:25:32
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