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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock tool 对接问题求助
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晔?�

银虫 (小有名气)

[求助] autodock tool 对接问题求助已有3人参与

ADT对接时，受体和配体的原子类型不同是要怎么调整？通过file-save-write pdbqt;和flexiable residues-output-save rigid pdbqt 两种途径   蛋白分子.pdb文件转为.pdbqt，有什么区别吗？   
新手求助
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1楼2015-01-16 14:56:56
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
晔?�(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-18 13:57:35
没看懂，受体配体原子类型不同？最常见的都会不同。
受体要处理的步骤更复杂，

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2015-01-16 16:23:21
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晔?�

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2015-01-16 16:23:21
没看懂，受体配体原子类型不同？最常见的都会不同。
受体要处理的步骤更复杂，

因为受体中含有S原子，而配体中没有，那要把受体中的S删除吗？怎么删
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3楼2015-01-17 16:50:33
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 晔?� at 2015-01-17 16:50:33
因为受体中含有S原子，而配体中没有，那要把受体中的S删除吗？怎么删...

没有说要原子一样才能对接，先学学对接的基础吧

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2015-01-17 17:04:11
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
晔?�(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-18 13:57:44
晔?�: 金币+2 2015-01-18 14:41:25
一个设置后是蛋白默认刚性对接，另外一个是柔性对接
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5楼2015-01-18 10:40:36
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晔?�

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pymol at 2015-01-18 10:40:36
一个设置后是蛋白默认刚性对接，另外一个是柔性对接

嗯，是的
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6楼2015-01-18 14:34:49
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晔?�

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pymol at 2015-01-18 10:40:36
一个设置后是蛋白默认刚性对接，另外一个是柔性对接

同一个受体和两种配体分别对接，第一种配体对接成功，而第二种配体对接时对接不成功，提示的原因“can't find or open receptor PDBQT file "pro.pdbqt" ”   为什么会出现这种情况的？
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7楼2015-01-18 14:41:08
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zhang360

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

应该是文件存放位置的问题
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8楼2016-07-11 20:26:30
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