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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Atuodock安装后无法正确运行
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Atuodock安装后无法正确运行 已有3人参与

运行时会显示

Resource file used to customize PMV: C:\Documents and settings\lenovo\.mgltools\1.5.4\Pmv\_pmvrc
Traceback
File: "C:\Program Files\MGLTools 1.5.4\MGLToolsPckgs\Autodocktools\__init__.py", line 373, in runADT

然后就是很多 __init__这种的错误

IndexError: list index out of range
hit enter to continue

然后按了回车它就自动关了

安装的时候先装的setup，然后把autogrid atuodock解压到指定文件夹
然后装了python2.5和MGLTools 1.5.4
最后解压了MGLTools 1.5.4的另一个文件夹到pythom25的一个指定目录
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1楼 2010-07-19 22:04:49
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)
错误信息类似于
Run AutoDockTools from C:\Program Files\MGLTools 1.5.2\MGLToolsPckgs\AutoDockTools
Traceback (most recent call last):
File "C:\Program Files\MGLTools 1.5.2\MGLToolsPckgs\AutoDockTools\__init__.py"
, line 352, in runADT
title=title, withShell= not interactive, verbose=False)
File "C:\cygwin\home\mgl\releases\MGLToolsPckgs\Pmv\moleculeViewer.py", line 3
00, in __init__
File "C:\cygwin\home\mgl\releases\MGLToolsPckgs\ViewerFramework\VF.py", line 3
47, in __init__
File "C:\Program Files\MGLTools 1.5.2\MGLToolsPckgs\ViewerFramework\VFGUI.py",
line 265, in __init__
cnf = {"addScenarioButton": False})
File "C:\Program Files\MGLTools 1.5.2\MGLToolsPckgs\DejaVu\Viewer.py", line 67
5, in __init__
cp = ClippingPlane(self.rootObject, i, self)
File "C:\Program Files\MGLTools 1.5.2\MGLToolsPckgs\DejaVu\Clip.py", line 42,
in __init__
self.id = self.clipPlaneNames[num]
IndexError: list index out of range
hit enter to continue
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2楼2010-07-20 12:06:07
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skarl

金虫 (小有名气)
★ ★
雪狼乖乖(金币+2):谢谢 2010-07-21 07:40:32
cygwin下载不全！
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3楼2010-07-21 04:28:49
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yaohua009

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6):谢谢 2010-07-21 20:18:54
雪狼乖乖(金币+3):谢谢你的耐心解答 2010-07-21 21:37:47
winXP系统

1.先在C盘本地安装cygwin,78MB;改环境变量,右击我的电脑--属性--高级--环境变量--
新建Path,值为c:\cygwin\bin
2.在C盘安装python-2.5.2.msi(For x86 processors版本)

3.安装MGLTool(直接双击运行MGLTools-1.5.2-win-Setup.exe)，安装在C:\cygwin\MGLTools里,
接着根据MGLTool继续安装剩下的 直到完成，创建桌面快捷方式
4.然后把i86Cygwin文件夹下的autodock4.exe和autogrid4.exe复制到cygwin/usr/local/bin下
5.运行cygwin,成功!
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4楼2010-07-21 19:00:48
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)
谢谢楼上

可是还是不能正确运行程序

Traceback
File: "C:\cygwin\MGLTools\MGLToolsPckgs\Autodocktools\__init__.py", line 373, in runADT
    title=title, withShell = not interactive, verbose=False>
File "C:\cygwin\MGLTools\MGLToolsPckgs\Pmv\moleculeViewer.py", line 315, in  ___init___
    verbose=verbose, trapExceptions=trapExceptions>
File "C:\cygwin\MGLTools\MGLToolsPckgs\ViewerFramework\VF.py", line 345, in ___init___
    verbose=verbose>
File "C:\cygwin\MGLTools\MGLToolsPckgs\ViewerFramework\VFGUI.py", line 277, in ___init___
    cnf = <"addScenarioButton": False>>
File "C:\cygwin\MGLTools\MGLToolsPckgs\DejaVu\Viewer.py", line 675, in ___init___
    cp = ClippingPlane
File "C:\cygwin\MGLTools\MGLToolsPckgs\DejaVu\Clip.py", line 42, in ___init___
    self.id = self.clipPlaneNames[num]
IndexError: list index out of range
hit enter to continue
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5楼2010-07-22 15:20:41
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yaohua009

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-23 21:08:12
双击桌面上的“AutoDockTools-1.5.4”图标，是否出现如下信息：

C:\Documents and Settings\Administrator>set MGLPYTHONPATH=C:\cygwin

C:\Documents and Settings\Administrator>"C:\Python25\python.exe" "C:\cygwin\MGLT
oolsPckgs\AutoDockTools\bin\runAdt.py"
Run AutoDockTools from C:\cygwin\MGLToolsPckgs\AutoDockTools
Resource file used to customize PMV: C:\Documents and Settings\Administrator\.mg
ltools\1.5.4\Pmv\_pmvrc
MSMSLIB 1.4.4 started on Local PC
Copyright M.F. Sanner (March 2000)
Compilation flags

若没有出现，可考虑重新安装ADT，装的最后，让ADT自动编译一下；但首先要确保电脑没中毒，建议先用小红伞杀一下

[ Last edited by yaohua009 on 2010-7-23 at 16:47 ]
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6楼2010-07-23 16:44:11
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)
我把整个软件又重装了一遍

上面的提示条文
MSMSLIB 1.4.4 started on Local PC
Copyright M.F. Sanner (March 2000)
Compilation flags
没有出现
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7楼2010-07-28 21:41:55
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
8楼2011-09-05 20:20:00
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