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nkxiaowu金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】高斯安装后多用户使用、多核运行及服务器配置问题
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系统配置：i7-920，12G内存 操作系统：CentOS 5.5 Gaussian版本：EM64T-G03RevE.01（论坛内下载） 先说安装 完全参考版内高手的指点安装，参考帖子地址：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1221940 如此安装之后（我使用DFT01用户安装），其他用户（如DFT02）或者用户组（如DFT用户组）如何使用高斯呢？ 也参考了版内其他人的一些安装过程 譬如给g03文件夹授权等 但是均没有成功 麻烦高手帮忙 ps：这一过程害我重新安装系统5遍，因为把几个用户的.bashrc文件、文件夹访问权限等改来改去，最后弄得第一个用户也用不了了。由于本人是首次接触Linux系统，所以麻烦高手们在解答的时候尽量详细些，多谢 再说使用的问题 由于i7-920使用超线程技术，所以系统显示有8核 使用不同的内核数目对一个16C、38H、2N的分子进行优化（主要为了测试执行效率） mem=10G，b3lyp/6-31g* nproc=1 CPU时间为6.8h， 实际时间6.8h，体系能量-663.2214742 =4 CPU时间为10.2h， 实际时间3h， 体系能量-663.2214665 =6 CPU时间为28h， 优化失败 体系能量-663.221466520（前两项收敛） =7 CPU时间为16.2h， 实际时间3h， 体系能量-663.2214718 虽然我明白由于另外四核是虚拟出来的，所以在nproc>4的时候没有效果，但是为什么优化后的能量也不相同？有时候还会优化失败呢？有没有人碰到过这种问题？ 另外：听说对于具有超线程技术的CPU，可以在主板上关掉超线程，有没有人关过？ 最后，想配一台服务器进行计算，大概配置如下： CPU：intel Xeon X5650*2 内存：金士顿4G 1333*12 硬盘：ST SAS 450G 主板：intel S5520SC （网上看参数，只支持SATA II硬盘接口，是真的么？） 选用机架式，以便以后组集群，请高手给出修改建议！ 本人问题比较多，但金币不多，都是每天点击得来的，只能拿出100来，请不要嫌少。 ps：我也想多拿出一些金币，但是版内好多文章都要求金币>500才能看，所以没有办法啊。建议修改一下这种帖子，改成金币>500或者给本版贡献N（N<50)个金币也能看 [ Last edited by nkxiaowu on 2010-10-14 at 09:13 ] |
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abbott
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zhou2009(金币+3): 2010-10-14 09:19:41
nkxiaowu(金币+5):虽然不明白你是什么意思，但还是谢谢 2010-10-14 09:35:59
nkxiaowu(金币+10):多谢热心帮助！ 2010-10-15 20:53:25
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nkxiaowu(金币+5):虽然不明白你是什么意思，但还是谢谢 2010-10-14 09:35:59
nkxiaowu(金币+10):多谢热心帮助！ 2010-10-15 20:53:25
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G03E01-ia64-linux 楼主 去看看什么是计算机 什么是PC 你用的估计是PC 而且是x86的, 这里的x86就是平台架构, 你可以去查查, 计算机平台有很多的, 你下载的如果没有标注错, 那么ia是用于安腾处理器平台的, 不是atom处理器. (这个atom是个人计算机 x86架构的) ia标识, 是说, 根据源码, 针对ia架构的平台做的优化, 你拿到别的地方, 能运行, 那就运气了 用它作东西, 不知道有什么结果? 超线程? 过时了吧? 现在的CPU支持核心虚拟的(可以google一下) 不懂硬件, 就买成品. 话说, PC的内存, 和服务器的内存, 还是有区别的. intel新出的i7 i5 i3阿, 与服务器CPU没有任何关系.... |
2楼2010-10-13 22:42:30
pwzhou
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zhou2009(金币+4): 2010-10-14 09:20:46
nkxiaowu(金币+20):先送上20，我先去试试，成功再多送，^_^ 2010-10-14 09:40:01
zhou2009(金币+4): 2010-10-14 09:20:46
nkxiaowu(金币+20):先送上20，我先去试试，成功再多送，^_^ 2010-10-14 09:40:01
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让多个用户同时使用Gaussian，必须使所有用户都属于同一个组，然后将Gaussian安装到系统目录下，简单说一下： 假如Gaussian安装到/usr/local下，所有用户属于Gaussian组，以下步骤请以root身份进行： cd /usr/local tar zxvf g03e01-em64t.tar.gz (请修改为自己的Gaussian安装包名称） 如果使用的使不带linda的版本的话，以下四行命令可以省略 ******************************** export g03root=/usr/local cd $g03root/g03 chmod +x bsd/install bsd/install ******************************** groupadd Gaussian chown -R root:Gaussian /usr/local/g03 要使新加的用户属于Gaussian组，可以在添加用户的时候用-G参数指定，比如： useradd -G Gaussian username 要把已有的用户加入Gaussian组，请用命令usermod，比如： usermod -a Gaussian username 设置用户的环境变量： export g03root=/usr/local export GAUSS_SCRDIR=/tmp . $g03root/g03/bsd/g03.profile 上面这三行足够，不用去看那些比这更复杂的设置。 [ Last edited by pwzhou on 2010-10-13 at 23:49 ] |
3楼2010-10-13 23:46:51
zhangmt
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首先GS的版本是我标错了，当时下载的时候是这个名字，但是计算结果显示的版本是EM64T-G03RevE.01，所以用于个人PC进行计算应该没有问题 硬件我是不怎么懂，但我想我说清楚了。至于是不是超线程，我已经把CPU型号说了，采用什么技术懂硬件的都明白，就算我说错了呗。i7-920系统显示有8核，计算时用不同的内核数目，计算时间不同可以理解，但是优化出的能量也不相同就比较奇怪了。因为我听那些用GS的老师说，同样的体系同样的方法，GS老版本和新版本计算出的结果应该是一样的，这就是GS的精确之处。但为啥我的计算结果却不同呢 另外，对于你的最后两句话很不明白，我知道服务器的CPU、内存和PC的CPU、内存都不相同的，但现在我想重新购置一台服务器进行计算，详细配置我已经给了，金士顿同样有4G 1333的服务器内存吧？ 还是不明白你最后说的是什么意思  |
5楼2010-10-14 09:26:53
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没有搞定  均按照帖子的步骤 修改用户环境变量后(.bashrc文件) 登录时提示“bash: ./usr/local/g03/bsd/g03.profile: 没有那个文件或目录” 用命令“which g03”也会显示“no g03”   如果把". $g03root/g03/bsd/g03.profile"改成"source $g03root/g03/bsd/g03.profile" 登陆倒是不提示错误了，但是which g03依然找不到 如果按照我原来的安装方法修改.bashrc export GAUSS_EXEDIR=/usr/local/g03 export g03root=/usr/local/g03 export D_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abis/home/g03 export PATH=$PATH:/usr/local/g03 export GAUSS_SCRDIR=/tmp 这下倒是能找到g03命令，但是一运行就出错 错误提示”forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred“  再帮帮忙吧，哪里出错了？  [ Last edited by nkxiaowu on 2010-10-15 at 15:30 ] |
7楼2010-10-15 13:27:02
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