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nkxiaowu金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】高斯安装后多用户使用、多核运行及服务器配置问题
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系统配置：i7-920，12G内存 操作系统：CentOS 5.5 Gaussian版本：EM64T-G03RevE.01（论坛内下载） 先说安装 完全参考版内高手的指点安装，参考帖子地址：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1221940 如此安装之后（我使用DFT01用户安装），其他用户（如DFT02）或者用户组（如DFT用户组）如何使用高斯呢？ 也参考了版内其他人的一些安装过程 譬如给g03文件夹授权等 但是均没有成功 麻烦高手帮忙 ps：这一过程害我重新安装系统5遍，因为把几个用户的.bashrc文件、文件夹访问权限等改来改去，最后弄得第一个用户也用不了了。由于本人是首次接触Linux系统，所以麻烦高手们在解答的时候尽量详细些，多谢 再说使用的问题 由于i7-920使用超线程技术，所以系统显示有8核 使用不同的内核数目对一个16C、38H、2N的分子进行优化（主要为了测试执行效率） mem=10G，b3lyp/6-31g* nproc=1 CPU时间为6.8h， 实际时间6.8h，体系能量-663.2214742 =4 CPU时间为10.2h， 实际时间3h， 体系能量-663.2214665 =6 CPU时间为28h， 优化失败 体系能量-663.221466520（前两项收敛） =7 CPU时间为16.2h， 实际时间3h， 体系能量-663.2214718 虽然我明白由于另外四核是虚拟出来的，所以在nproc>4的时候没有效果，但是为什么优化后的能量也不相同？有时候还会优化失败呢？有没有人碰到过这种问题？ 另外：听说对于具有超线程技术的CPU，可以在主板上关掉超线程，有没有人关过？ 最后，想配一台服务器进行计算，大概配置如下： CPU：intel Xeon X5650*2 内存：金士顿4G 1333*12 硬盘：ST SAS 450G 主板：intel S5520SC （网上看参数，只支持SATA II硬盘接口，是真的么？） 选用机架式，以便以后组集群，请高手给出修改建议！ 本人问题比较多，但金币不多，都是每天点击得来的，只能拿出100来，请不要嫌少。 ps：我也想多拿出一些金币，但是版内好多文章都要求金币>500才能看，所以没有办法啊。建议修改一下这种帖子，改成金币>500或者给本版贡献N（N<50)个金币也能看 [ Last edited by nkxiaowu on 2010-10-14 at 09:13 ] |
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nkxiaowu
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首先GS的版本是我标错了，当时下载的时候是这个名字，但是计算结果显示的版本是EM64T-G03RevE.01，所以用于个人PC进行计算应该没有问题 硬件我是不怎么懂，但我想我说清楚了。至于是不是超线程，我已经把CPU型号说了，采用什么技术懂硬件的都明白，就算我说错了呗。i7-920系统显示有8核，计算时用不同的内核数目，计算时间不同可以理解，但是优化出的能量也不相同就比较奇怪了。因为我听那些用GS的老师说，同样的体系同样的方法，GS老版本和新版本计算出的结果应该是一样的，这就是GS的精确之处。但为啥我的计算结果却不同呢 另外，对于你的最后两句话很不明白，我知道服务器的CPU、内存和PC的CPU、内存都不相同的，但现在我想重新购置一台服务器进行计算，详细配置我已经给了，金士顿同样有4G 1333的服务器内存吧？ 还是不明白你最后说的是什么意思  |
5楼2010-10-14 09:26:53
nkxiaowu
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没有搞定  均按照帖子的步骤 修改用户环境变量后(.bashrc文件) 登录时提示“bash: ./usr/local/g03/bsd/g03.profile: 没有那个文件或目录” 用命令“which g03”也会显示“no g03”   如果把". $g03root/g03/bsd/g03.profile"改成"source $g03root/g03/bsd/g03.profile" 登陆倒是不提示错误了，但是which g03依然找不到 如果按照我原来的安装方法修改.bashrc export GAUSS_EXEDIR=/usr/local/g03 export g03root=/usr/local/g03 export D_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abis/home/g03 export PATH=$PATH:/usr/local/g03 export GAUSS_SCRDIR=/tmp 这下倒是能找到g03命令，但是一运行就出错 错误提示”forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred“  再帮帮忙吧，哪里出错了？  [ Last edited by nkxiaowu on 2010-10-15 at 15:30 ] |
7楼2010-10-15 13:27:02
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10楼2010-10-15 14:07:48
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Gaussian是 Gaussian 03: EM64T-G03RevE.01 系统是CentOS 5.5 X86-64，应该没错，下面是uname运行结果 Linux localhost.localdomain 2.6.18-194.el5 #1 SMP Fri Apr 2 14:58:14 EDT 2010 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 我也觉得设置上应该没有什么问题 应该是系统某个参数的问题，但是我是linux小白 根本不知道去怎么解决 换个系统重装一遍？？？ [ Last edited by nkxiaowu on 2010-10-15 at 15:39 ] |
12楼2010-10-15 15:35:18
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13楼2010-10-15 20:51:38