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JJLune

木虫 (小有名气)

[求助] Autodock的使用过程中出现的一些问题 已有3人参与

各位亲,我是刚开始使用Autodock的,在使用的过程中,出现了一些问题,望各位看到这个帖子的,能够给解决一下。。。。
    我用的是Autodock 1.5.6版 其他软件都安装正确,也能正常的运行,大分子是从PDB数据库中下载的格式.pdb格式,小分子是从TCMSP数据库下载的一个化学成分格式.mol2格式;运行过程中所生成的文件全部都放在默认的文件夹中。在软件的运行过程没有一次报错的情况,但是当Run Autogrid的时候,运行的过程一闪而过,什么文件也不生成,因此在Run Autodock的时候,缺少部分文件,不能继续下去。。。。
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tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
JJLune: 金币+2 2015-04-03 18:14:47
默认文件的路径呢 命令提示窗口的信息n?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
我来了~~
2楼2015-04-03 13:14:54
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JJLune

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tbw258 at 2015-04-03 13:14:54
默认文件的路径呢 命令提示窗口的信息n?

我现在能做到最后  但是当调用对接结果的时候就报错了,说是刚性文件找不到

[ 发自小木虫客户端 ]
待我长发及腰,少年娶我可好
3楼2015-04-03 18:13:49
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tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
JJLune: 金币+3 2015-04-07 09:33:30
截图详细点?可能你的文件没整到同一文件夹

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
我来了~~
4楼2015-04-05 21:28:55
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★
JJLune: 金币+3 2015-04-07 09:33:41
1:首先确认一下路径是否正确,确保没有中文字符
2:考虑把路径设置一下,人为的将autogrid.exe 和autodock.exe放置到默认路径中
5楼2015-04-06 15:20:23
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JJLune

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by pymol at 2015-04-06 15:20:23
1:首先确认一下路径是否正确,确保没有中文字符
2:考虑把路径设置一下,人为的将autogrid.exe 和autodock.exe放置到默认路径中

路径什么的都是按照默认的路径,未曾修改,文件名全部改成单个字母,现在是做到最后当调用对接结果的时候就报错。。。。。
待我长发及腰,少年娶我可好
6楼2015-04-07 09:35:52
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JJLune

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by tbw258 at 2015-04-05 21:28:55
截图详细点?可能你的文件没整到同一文件夹

这是对接的截图

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  • 附件 1 : autodock_(2).doc
  • 2015-04-07 10:11:22, 380.5 K
待我长发及腰,少年娶我可好
7楼2015-04-07 10:12:14
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JJLune

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by tbw258 at 2015-04-05 21:28:55
截图详细点?可能你的文件没整到同一文件夹

对接的过程是用的这个版本的教程。。。。

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  • 附件 1 : AutoDock&ADT教程.doc
  • 2015-04-07 10:13:38, 6.9 M
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8楼2015-04-07 10:13:50
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honeyzhao

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
JJLune: 金币+3 2015-04-08 19:13:17
你应该autogrid 和GPF文件都要指定路径, 在一个你可以用官方介绍的方法用命令行检查一下你是否安装正确。。。。。
9楼2015-04-08 17:53:11
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sld9527

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by JJLune at 2015-04-03 18:13:49
我现在能做到最后  但是当调用对接结果的时候就报错了,说是刚性文件找不到
...

请问在做grid的时候要注意什么,我的老是报错说找不到pdbqt文件,你是在linux下,还是win?请指教,我现在也是没招了
baby-don't-cry
10楼2015-08-29 23:08:43
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