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河外生命

木虫 (小有名气)

[求助] 用autodock对接能否不指定柔性残基 已有1人参与

我在用autodock4.2进行分子对接时遇到这样一个难题:活性中心是在铁卟啉环中间的三价铁离子上,理论上这个Fe3+应该是对接的中心。而autodock里柔性残基一般都应该是氨基酸,这样我就没办法把Fe3+设为柔性的。在这样的情况下,我能不能不指定柔性残基,只是进行刚性对接?
求高人指教,谢谢!
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事在人为
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pymol

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
河外生命: 金币+6 2014-10-16 20:42:44
河外生命: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-10-20 11:16:46
当然可以了,而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以!
2楼2014-10-15 14:12:06
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pymol

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+10 2014-10-16 20:42:56
活性中心有金属离子的话,需要添加金属离子相关参数,否则没法对接
3楼2014-10-15 14:12:43
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河外生命

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:06
当然可以了,而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以!

那在做到docking的时候,只需要把整个蛋白分子指定为刚性分子吗?
还有autodock里能够将三价铁离子设为柔性残基吗?应该怎么设置呢?
谢谢指教!
事在人为
4楼2014-10-16 20:42:30
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河外生命

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:43
活性中心有金属离子的话,需要添加金属离子相关参数,否则没法对接

谢谢指教!
我还想请问一下,血红素辅基理论上应该是刚性的,我能否像设置柔性参加那样将它设为对接的中心?如果可以的话应该怎样设置?金属离子的电荷及参数应该怎样设置?
我只会用autodock4.2,pymol会一点。还望高手指点迷津,谢谢了!
事在人为
5楼2014-10-16 20:48:04
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pymol

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+8, ★★★很有帮助 2014-10-20 20:37:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 河外生命 at 2014-10-16 20:42:30
那在做到docking的时候,只需要把整个蛋白分子指定为刚性分子吗?
还有autodock里能够将三价铁离子设为柔性残基吗?应该怎么设置呢?
谢谢指教!...

Autodock对接的时候,只要你不指定柔性残基,蛋白就默认刚性,小分子默认柔性对接,添加金属离子参数可以在源文件中修改
6楼2014-10-20 20:25:48
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河外生命

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by pymol at 2014-10-20 20:25:48
Autodock对接的时候,只要你不指定柔性残基,蛋白就默认刚性,小分子默认柔性对接,添加金属离子参数可以在源文件中修改...

多谢应助!是不是只要在受体的pdbqt文件里直接把Fe的电荷改为+3就可以了?
事在人为
7楼2014-10-20 20:39:11
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autodockytu

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+8 2014-11-06 00:05:55
引用回帖:
7楼: Originally posted by 河外生命 at 2014-10-20 20:39:11
多谢应助!是不是只要在受体的pdbqt文件里直接把Fe的电荷改为+3就可以了?...

若果有金属离子的话,需要在源文件中增加参数!不是简单的修改电荷
8楼2014-11-05 21:55:11
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