应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用autodock对接能否不指定柔性残基
51/1返回列表
查看: 2304  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

河外生命

木虫 (小有名气)

[求助] 用autodock对接能否不指定柔性残基 已有1人参与

我在用autodock4.2进行分子对接时遇到这样一个难题：活性中心是在铁卟啉环中间的三价铁离子上，理论上这个Fe3+应该是对接的中心。而autodock里柔性残基一般都应该是氨基酸，这样我就没办法把Fe3+设为柔性的。在这样的情况下，我能不能不指定柔性残基，只是进行刚性对接？
求高人指教，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
事在人为
1楼 2014-10-14 23:57:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+10 2014-10-16 20:42:56
活性中心有金属离子的话，需要添加金属离子相关参数，否则没法对接
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-10-15 14:12:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
河外生命: 金币+6 2014-10-16 20:42:44
河外生命: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-10-20 11:16:46
当然可以了，而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以！
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-10-15 14:12:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:06
当然可以了，而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以！

那在做到docking的时候，只需要把整个蛋白分子指定为刚性分子吗？
还有autodock里能够将三价铁离子设为柔性残基吗？应该怎么设置呢？
谢谢指教！
赞一下 回复此楼
事在人为
4楼2014-10-16 20:42:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:43
活性中心有金属离子的话，需要添加金属离子相关参数，否则没法对接

谢谢指教！
我还想请问一下，血红素辅基理论上应该是刚性的，我能否像设置柔性参加那样将它设为对接的中心？如果可以的话应该怎样设置？金属离子的电荷及参数应该怎样设置？
我只会用autodock4.2，pymol会一点。还望高手指点迷津，谢谢了！
赞一下 回复此楼
事在人为
5楼2014-10-16 20:48:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭