24小时热门版块排行榜    

查看: 2232  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

河外生命

木虫 (小有名气)

[求助] 用autodock对接能否不指定柔性残基 已有1人参与

我在用autodock4.2进行分子对接时遇到这样一个难题:活性中心是在铁卟啉环中间的三价铁离子上,理论上这个Fe3+应该是对接的中心。而autodock里柔性残基一般都应该是氨基酸,这样我就没办法把Fe3+设为柔性的。在这样的情况下,我能不能不指定柔性残基,只是进行刚性对接?
求高人指教,谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

事在人为
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+10 2014-10-16 20:42:56
活性中心有金属离子的话,需要添加金属离子相关参数,否则没法对接
3楼2014-10-15 14:12:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
河外生命: 金币+6 2014-10-16 20:42:44
河外生命: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-10-20 11:16:46
当然可以了,而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以!
2楼2014-10-15 14:12:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

河外生命

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:06
当然可以了,而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以!

那在做到docking的时候,只需要把整个蛋白分子指定为刚性分子吗?
还有autodock里能够将三价铁离子设为柔性残基吗?应该怎么设置呢?
谢谢指教!
事在人为
4楼2014-10-16 20:42:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

河外生命

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:43
活性中心有金属离子的话,需要添加金属离子相关参数,否则没法对接

谢谢指教!
我还想请问一下,血红素辅基理论上应该是刚性的,我能否像设置柔性参加那样将它设为对接的中心?如果可以的话应该怎样设置?金属离子的电荷及参数应该怎样设置?
我只会用autodock4.2,pymol会一点。还望高手指点迷津,谢谢了!
事在人为
5楼2014-10-16 20:48:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 OEbVnUOu01ol 2026-08-22 5/250 2026-08-23 21:35 by 1iADQrSZC7R6
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 v7Aev8ORQjin 2026-08-22 3/150 2026-08-23 20:58 by 0p9y1isJp2jM
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 4/200 2026-08-23 20:46 by 0p9y1isJp2jM
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 19:22 by lXgU0RvNTDC9
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 5/250 2026-08-23 19:10 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 15:33 by KM5EcsNQRBPn
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 4/200 2026-08-23 15:30 by KM5EcsNQRBPn
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 10:44 by IXZuIJ2Q7OVy
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 10/500 2026-08-23 07:17 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[教师之家] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见