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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用autodock对接能否不指定柔性残基
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河外生命

木虫 (小有名气)

[求助] 用autodock对接能否不指定柔性残基 已有1人参与

我在用autodock4.2进行分子对接时遇到这样一个难题：活性中心是在铁卟啉环中间的三价铁离子上，理论上这个Fe3+应该是对接的中心。而autodock里柔性残基一般都应该是氨基酸，这样我就没办法把Fe3+设为柔性的。在这样的情况下，我能不能不指定柔性残基，只是进行刚性对接？
求高人指教，谢谢！
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事在人为
1楼 2014-10-14 23:57:15
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pymol

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
河外生命: 金币+6 2014-10-16 20:42:44
河外生命: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-10-20 11:16:46
当然可以了，而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以！
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2楼2014-10-15 14:12:06
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+10 2014-10-16 20:42:56
活性中心有金属离子的话，需要添加金属离子相关参数，否则没法对接
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3楼2014-10-15 14:12:43
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河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:06
当然可以了，而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以！

那在做到docking的时候，只需要把整个蛋白分子指定为刚性分子吗？
还有autodock里能够将三价铁离子设为柔性残基吗？应该怎么设置呢？
谢谢指教！
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事在人为
4楼2014-10-16 20:42:30
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河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:43
活性中心有金属离子的话，需要添加金属离子相关参数，否则没法对接

谢谢指教！
我还想请问一下，血红素辅基理论上应该是刚性的，我能否像设置柔性参加那样将它设为对接的中心？如果可以的话应该怎样设置？金属离子的电荷及参数应该怎样设置？
我只会用autodock4.2，pymol会一点。还望高手指点迷津，谢谢了！
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事在人为
5楼2014-10-16 20:48:04
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pymol

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+8, ★★★很有帮助 2014-10-20 20:37:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 河外生命 at 2014-10-16 20:42:30
那在做到docking的时候，只需要把整个蛋白分子指定为刚性分子吗？
还有autodock里能够将三价铁离子设为柔性残基吗？应该怎么设置呢？
谢谢指教！...

Autodock对接的时候，只要你不指定柔性残基，蛋白就默认刚性，小分子默认柔性对接，添加金属离子参数可以在源文件中修改
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6楼2014-10-20 20:25:48
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河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pymol at 2014-10-20 20:25:48
Autodock对接的时候，只要你不指定柔性残基，蛋白就默认刚性，小分子默认柔性对接，添加金属离子参数可以在源文件中修改...

多谢应助！是不是只要在受体的pdbqt文件里直接把Fe的电荷改为+3就可以了？
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事在人为
7楼2014-10-20 20:39:11
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autodockytu

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+8 2014-11-06 00:05:55
引用回帖:
7楼: Originally posted by 河外生命 at 2014-10-20 20:39:11
多谢应助！是不是只要在受体的pdbqt文件里直接把Fe的电荷改为+3就可以了？...

若果有金属离子的话，需要在源文件中增加参数！不是简单的修改电荷
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8楼2014-11-05 21:55:11
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