应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用autodock对接能否不指定柔性残基
81/1返回列表
查看: 2085  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

河外生命

木虫 (小有名气)

[求助] 用autodock对接能否不指定柔性残基 已有1人参与

我在用autodock4.2进行分子对接时遇到这样一个难题：活性中心是在铁卟啉环中间的三价铁离子上，理论上这个Fe3+应该是对接的中心。而autodock里柔性残基一般都应该是氨基酸，这样我就没办法把Fe3+设为柔性的。在这样的情况下，我能不能不指定柔性残基，只是进行刚性对接？
求高人指教，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
事在人为
1楼 2014-10-14 23:57:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
河外生命: 金币+6 2014-10-16 20:42:44
河外生命: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-10-20 11:16:46
当然可以了，而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以！
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-10-15 14:12:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+10 2014-10-16 20:42:56
活性中心有金属离子的话，需要添加金属离子相关参数，否则没法对接
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-10-15 14:12:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:06
当然可以了，而且大多数情况直接跳过柔性残基就可以！

那在做到docking的时候，只需要把整个蛋白分子指定为刚性分子吗？
还有autodock里能够将三价铁离子设为柔性残基吗？应该怎么设置呢？
谢谢指教！
赞一下 回复此楼
事在人为
4楼2014-10-16 20:42:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:43
活性中心有金属离子的话，需要添加金属离子相关参数，否则没法对接

谢谢指教！
我还想请问一下，血红素辅基理论上应该是刚性的，我能否像设置柔性参加那样将它设为对接的中心？如果可以的话应该怎样设置？金属离子的电荷及参数应该怎样设置？
我只会用autodock4.2，pymol会一点。还望高手指点迷津，谢谢了！
赞一下 回复此楼
事在人为
5楼2014-10-16 20:48:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+8, ★★★很有帮助 2014-10-20 20:37:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 河外生命 at 2014-10-16 20:42:30
那在做到docking的时候，只需要把整个蛋白分子指定为刚性分子吗？
还有autodock里能够将三价铁离子设为柔性残基吗？应该怎么设置呢？
谢谢指教！...

Autodock对接的时候，只要你不指定柔性残基，蛋白就默认刚性，小分子默认柔性对接，添加金属离子参数可以在源文件中修改
赞一下 回复此楼
6楼2014-10-20 20:25:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pymol at 2014-10-20 20:25:48
Autodock对接的时候，只要你不指定柔性残基，蛋白就默认刚性，小分子默认柔性对接，添加金属离子参数可以在源文件中修改...

多谢应助！是不是只要在受体的pdbqt文件里直接把Fe的电荷改为+3就可以了？
赞一下 回复此楼
事在人为
7楼2014-10-20 20:39:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+8 2014-11-06 00:05:55
引用回帖:
7楼: Originally posted by 河外生命 at 2014-10-20 20:39:11
多谢应助！是不是只要在受体的pdbqt文件里直接把Fe的电荷改为+3就可以了？...

若果有金属离子的话，需要在源文件中增加参数！不是简单的修改电荷
赞一下 回复此楼
8楼2014-11-05 21:55:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 河外生命 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-03 07:22 by jmr1kibhvw
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qs8kylt1wr 2026-05-01 4/200 2026-05-03 06:52 by jmr1kibhvw
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-03 06:34 by jmr1kibhvw
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-03 05:52 by w5idbsc3mz
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-03 05:07 by jmr1kibhvw
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 4/200 2026-05-03 05:04 by jmr1kibhvw
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 4/200 2026-05-03 04:34 by w5idbsc3mz
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 4/200 2026-05-03 04:19 by w5idbsc3mz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 4/200 2026-05-03 03:51 by w5idbsc3mz
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 4/200 2026-05-03 03:49 by w5idbsc3mz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 4/200 2026-05-03 03:19 by w5idbsc3mz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 4/200 2026-05-03 02:36 by w5idbsc3mz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 4/200 2026-05-03 01:34 by w5idbsc3mz
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qs8kylt1wr 2026-05-01 4/200 2026-05-03 00:00 by 火炎焱燚炙烤
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-02 14:06 by zahslv263y
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 3/150 2026-05-02 09:36 by dz7y1p1i98
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 5/250 2026-05-02 09:21 by dz7y1p1i98
[文学芳草园] 太白金星有点烦 +3 yexuqing 2026-04-27 3/150 2026-04-30 21:56 by myrtle
[考博] 中国地质大学（北京）博士招生补录，数理学院材料科学与工程专业和材料与化工专业 +3 liuxh329 2026-04-29 3/150 2026-04-30 15:42 by 顺利毕业zs
[基金申请] 收到国自然专家邀请后几年才会有本子送过来评 +3 barley5 2026-04-30 3/150 2026-04-30 14:58 by aspect3000
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭