| 查看: 2002 | 回复: 5 | ||
[求助]
autodock vina conf.txt 编写求助 已有1人参与
|
|
第一次用vina，很不熟练，按照视频上的写的： receptor = 1.pdbqt ligand = 2.pdbqt center_x = 15.885 center_y = 40.17 center_x = -62.562 size_x = 48 size_y = 40 size_z = 46 结果出现multiple_occurrence ,去掉_又不能识别  。求助各位，帮忙看下这个txt写的有问题吗? 多谢了！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
拟解决的关键科学问题还要不要写
已经有8人回复
-
请教限项目规定
已经有5人回复
-
最失望的一年
已经有16人回复
-
存款400万可以在学校里躺平吗
已经有33人回复
-
求助一下有机合成大神
已经有3人回复
-
求推荐英文EI期刊
已经有5人回复
-
26申博
已经有3人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有10人回复
-
基金申报
已经有6人回复
-
疑惑？
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助！autodock对接结果分析！
已经有7人回复
- 关于autodock vina对接的conf.txt写法
已经有4人回复
- AutoDock、Vina使用中的一些问题
已经有4人回复
- 【软件】最新Win版的Autodock/Vina plugin for PyMOL ！！
已经有132人回复
- autodock vina操作视频，以及视频中更新问题
已经有95人回复
- 【求助】autodock vina 输入命令报无法读取
已经有8人回复
- 【分享】非常好的 Autodock/Vina plugin for PyMOL
已经有8人回复
老曼7
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 5876.9
- 散金: 227
- 红花: 4
- 帖子: 506
- 在线: 109.5小时
- 虫号: 1941783
- 注册: 2012-08-16
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
abinitio: 金币+1, 感谢参与交流 2014-11-09 22:07:03
感谢参与，应助指数 +1
abinitio: 金币+1, 感谢参与交流 2014-11-09 22:07:03
|
不知道楼主是在window还是在linux下操作的。 第一个，你的1和2两个pdbqt要确定是和config.txt是放在同一目录下的。 第二个，用命令提交：vina --config config.txt；你的config文件没有指定用的cpu数量，所有默认只输出最多9个。 然后要注意的是config文件里的=号是前后都有空格的。 另外你蛋白质和配体的pdbqt文件建议在mgltools中来准备，受体要加了氢，去除共晶和配体，配体则要定义好root和可旋转键的数量，加氢最后保存为pdbqt文件。 最后就是盒子的设置，一定要确定盒子的中心坐标xyz是在活性口袋的中心。 |
2楼2014-11-08 20:39:23
3楼2014-11-09 21:46:34
4楼2014-11-10 10:22:38
老曼7
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 5876.9
- 散金: 227
- 红花: 4
- 帖子: 506
- 在线: 109.5小时
- 虫号: 1941783
- 注册: 2012-08-16
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
5楼2014-11-10 12:18:00
6楼2016-07-07 22:09:14