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superwinder铜虫 (初入文坛)
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autodock vina conf.txt 编写求助 已有1人参与
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第一次用vina，很不熟练，按照视频上的写的： receptor = 1.pdbqt ligand = 2.pdbqt center_x = 15.885 center_y = 40.17 center_x = -62.562 size_x = 48 size_y = 40 size_z = 46 结果出现multiple_occurrence ,去掉_又不能识别  。求助各位，帮忙看下这个txt写的有问题吗? 多谢了！！！ |
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superwinder
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【答案】应助回帖
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不知道楼主是在window还是在linux下操作的。 第一个，你的1和2两个pdbqt要确定是和config.txt是放在同一目录下的。 第二个，用命令提交：vina --config config.txt；你的config文件没有指定用的cpu数量，所有默认只输出最多9个。 然后要注意的是config文件里的=号是前后都有空格的。 另外你蛋白质和配体的pdbqt文件建议在mgltools中来准备，受体要加了氢，去除共晶和配体，配体则要定义好root和可旋转键的数量，加氢最后保存为pdbqt文件。 最后就是盒子的设置，一定要确定盒子的中心坐标xyz是在活性口袋的中心。 |
2楼2014-11-08 20:39:23
superwinder
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