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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock vina conf.txt 编写求助
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superwinder

铜虫 (初入文坛)

[求助] autodock vina conf.txt 编写求助已有1人参与

第一次用vina，很不熟练，按照视频上的写的：
receptor = 1.pdbqt
ligand = 2.pdbqt

center_x = 15.885
center_y = 40.17
center_x = -62.562

size_x = 48
size_y = 40
size_z = 46

结果出现multiple_occurrence ,去掉_又不能识别。求助各位，帮忙看下这个txt写的有问题吗? 多谢了！！！
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1楼2014-11-08 11:01:27
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superwinder

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-11-08 20:39:23
不知道楼主是在window还是在linux下操作的。
第一个，你的1和2两个pdbqt要确定是和config.txt是放在同一目录下的。
第二个，用命令提交：vina --config config.txt；你的config文件没有指定用的cpu数量，所有默认 ...

首先非常感谢你的回复！我用的是WIN8，两个pdbqt是和config.txt是放在同一目录下的，=号前后也有隔开。就是没有指定CPU数，这个很重要吗？它说我出现multiple_occurrence，不就是6个吗？不是很理解，请您指点。
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3楼2014-11-09 21:46:34
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superwinder

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-11-08 20:39:23
不知道楼主是在window还是在linux下操作的。
第一个，你的1和2两个pdbqt要确定是和config.txt是放在同一目录下的。
第二个，用命令提交：vina --config config.txt；你的config文件没有指定用的cpu数量，所有默认 ...

已经可以运行了，但是很慢，是cpu不行吗？
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4楼2014-11-10 10:22:38
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