24小时热门版块排行榜    

查看: 790  |  回复: 2

jonsen

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何用人的已知序列比对与其相似性低的鱼的基因序列 已有1人参与

请问如果我已知一个人的基因序列(蛋白序列、核酸序列、基因名称都知道),现在我想用这个序列去NCBI中比对出鱼的相似基因(目前这个鱼的基因组序列已经提交,都是scaffold,但是没有进行基因注释),我之前用人的这个基因的ORF直接进行blastn,比对出来都是哺乳动物和两栖类的,没有一种鱼类的,估计相似性比较低。请问我应该怎么进行比对啊?谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

时间慢点
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jonsen: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-04-16 04:31:27
使用NCBI的Blast功能时,是可以限定搜索物种范围的,见下图,在①框处填入你要比的鱼的物种拉丁名,一般输入部分后,备选项中就会有提示,选定后其他选项不变做blast后,得到的结果都是该物种中与你提交序列相似的序列。如没有结果,可以在②框处(一般这里默认是选择第一项)依次选择第二项或第三项重新进行blast。
请问如何用人的已知序列比对与其相似性低的鱼的基因序列

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-04-14 21:01:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jonsen

铁虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-04-14 21:01:42
使用NCBI的Blast功能时,是可以限定搜索物种范围的,见下图,在①框处填入你要比的鱼的物种拉丁名,一般输入部分后,备选项中就会有提示,选定后其他选项不变做blast后,得到的结果都是该物种中与你提交序列相似的序 ...

非常感谢哈,我再实践下!
时间慢点
3楼2015-04-16 04:31:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jonsen 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 298求调剂 +7 上岸6666@ 2026-03-20 7/350 2026-03-23 10:24 by 呆呆师姐
[考研] 070300,一志愿北航320求调剂 +3 Jerry0216 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 289材料与化工(085600)B区求调剂 +3 这么名字咋样 2026-03-22 4/200 2026-03-22 17:56 by 云民大李老师
[考研] 305分求调剂(食品工程) +4 Sxy112 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:26 by 无懈可击111
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +4 NIFFFfff 2026-03-20 4/200 2026-03-22 09:49 by 2026paper
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:47 by ColorlessPI
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 265求调剂 +9 梁梁校校 2026-03-17 9/450 2026-03-21 02:17 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +6 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 7/350 2026-03-21 01:03 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
信息提示
请填处理意见