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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请问如何用人的已知序列比对与其相似性低的鱼的基因序列
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jonsen

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何用人的已知序列比对与其相似性低的鱼的基因序列 已有1人参与

请问如果我已知一个人的基因序列（蛋白序列、核酸序列、基因名称都知道），现在我想用这个序列去NCBI中比对出鱼的相似基因（目前这个鱼的基因组序列已经提交，都是scaffold，但是没有进行基因注释),我之前用人的这个基因的ORF直接进行blastn，比对出来都是哺乳动物和两栖类的，没有一种鱼类的，估计相似性比较低。请问我应该怎么进行比对啊？谢谢！
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时间慢点
1楼 2015-04-14 15:23:36
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jonsen: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-04-16 04:31:27
使用NCBI的Blast功能时，是可以限定搜索物种范围的，见下图，在①框处填入你要比的鱼的物种拉丁名，一般输入部分后，备选项中就会有提示，选定后其他选项不变做blast后，得到的结果都是该物种中与你提交序列相似的序列。如没有结果，可以在②框处（一般这里默认是选择第一项）依次选择第二项或第三项重新进行blast。
请问如何用人的已知序列比对与其相似性低的鱼的基因序列
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jonsen
2楼2015-04-14 21:01:42
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jonsen

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-04-14 21:01:42
使用NCBI的Blast功能时，是可以限定搜索物种范围的，见下图，在①框处填入你要比的鱼的物种拉丁名，一般输入部分后，备选项中就会有提示，选定后其他选项不变做blast后，得到的结果都是该物种中与你提交序列相似的序 ...

非常感谢哈，我再实践下！
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时间慢点
3楼2015-04-16 04:31:12
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