24小时热门版块排行榜    

查看: 795  |  回复: 2

jonsen

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何用人的已知序列比对与其相似性低的鱼的基因序列 已有1人参与

请问如果我已知一个人的基因序列(蛋白序列、核酸序列、基因名称都知道),现在我想用这个序列去NCBI中比对出鱼的相似基因(目前这个鱼的基因组序列已经提交,都是scaffold,但是没有进行基因注释),我之前用人的这个基因的ORF直接进行blastn,比对出来都是哺乳动物和两栖类的,没有一种鱼类的,估计相似性比较低。请问我应该怎么进行比对啊?谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

时间慢点
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jonsen: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-04-16 04:31:27
使用NCBI的Blast功能时,是可以限定搜索物种范围的,见下图,在①框处填入你要比的鱼的物种拉丁名,一般输入部分后,备选项中就会有提示,选定后其他选项不变做blast后,得到的结果都是该物种中与你提交序列相似的序列。如没有结果,可以在②框处(一般这里默认是选择第一项)依次选择第二项或第三项重新进行blast。
请问如何用人的已知序列比对与其相似性低的鱼的基因序列

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-04-14 21:01:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jonsen

铁虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-04-14 21:01:42
使用NCBI的Blast功能时,是可以限定搜索物种范围的,见下图,在①框处填入你要比的鱼的物种拉丁名,一般输入部分后,备选项中就会有提示,选定后其他选项不变做blast后,得到的结果都是该物种中与你提交序列相似的序 ...

非常感谢哈,我再实践下!
时间慢点
3楼2015-04-16 04:31:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jonsen 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 316求调剂 +7 梁茜雯 2026-03-19 7/350 2026-03-23 16:21 by lingjue
[考研] 材料与化工考研调剂 +4 孅華 2026-03-22 4/200 2026-03-23 16:13 by 一休哥FU
[考研] 303求调剂 +3 元夕元 2026-03-20 3/150 2026-03-23 13:29 by Iveryant
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-17 10/500 2026-03-23 13:05 by 醉在风里
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 求调剂 +6 十三加油 2026-03-21 6/300 2026-03-22 17:00 by i_cooler
[考研] 308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-21 3/150 2026-03-22 16:54 by i_cooler
[考研] 一志愿中南化学(0703)总分337求调剂 +9 niko- 2026-03-19 10/500 2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 华东师范大学-071000生物学-293分-求调剂 +3 研究生何瑶明 2026-03-18 3/150 2026-03-21 01:30 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕英一数二306 +7 z1z2z3879 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:48 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 3/150 2026-03-20 23:24 by JourneyLucky
[考研] 261求B区调剂,科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +9 手机用户 2026-03-17 9/450 2026-03-20 14:24 by 无懈可击111
[考研] 一志愿中国海洋大学,生物学,301分,求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
信息提示
请填处理意见