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joy11

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求助AUTODOCK 加氢问题

在AUTODOCK中导入.pdb的小分子之后,显示merge 12 non-polar hrdrogens, 导进来之后,这些非极性的氢原子自动消失,如果通过edit加氢之后,就会在N原子上多加一个氢原子,如果在左侧小分子名称右键点击加氢,则只是加上12个非极性的氢原子,可是output为.pdbqt时,却显示错误,也无法保存。本人也是初学,弄这个弄得头都大了,还是不得其解。求各位同仁帮个忙!急切~~~!!!!
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joyjoy
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joy11

铜虫 (初入文坛)

补充:如果不加氢原子做对接的话,结果根本就不对啊
joyjoy
2楼2015-04-09 09:52:35
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joy11

铜虫 (初入文坛)

还要补充:在其他软件中其实已经给小分子加氢了,只是不知道怎么回事,其他的分子会显示氢原子,而从GAUSSIAN下来的分子,读入AUTODOCK时,氢原子都会自动merge?
joyjoy
3楼2015-04-09 09:55:00
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joy11

铜虫 (初入文坛)

是不是只需要将质子化的氢处理一下就可以了,其他的也不用管
joyjoy
4楼2015-04-09 10:55:56
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joy11

铜虫 (初入文坛)

问题已解决,谢谢
joyjoy
5楼2015-04-09 15:23:44
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