24小时热门版块排行榜    

查看: 2511  |  回复: 4

joy11

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求助AUTODOCK 加氢问题

在AUTODOCK中导入.pdb的小分子之后,显示merge 12 non-polar hrdrogens, 导进来之后,这些非极性的氢原子自动消失,如果通过edit加氢之后,就会在N原子上多加一个氢原子,如果在左侧小分子名称右键点击加氢,则只是加上12个非极性的氢原子,可是output为.pdbqt时,却显示错误,也无法保存。本人也是初学,弄这个弄得头都大了,还是不得其解。求各位同仁帮个忙!急切~~~!!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

joyjoy
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

joy11

铜虫 (初入文坛)

补充:如果不加氢原子做对接的话,结果根本就不对啊
joyjoy
2楼2015-04-09 09:52:35
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

joy11

铜虫 (初入文坛)

还要补充:在其他软件中其实已经给小分子加氢了,只是不知道怎么回事,其他的分子会显示氢原子,而从GAUSSIAN下来的分子,读入AUTODOCK时,氢原子都会自动merge?
joyjoy
3楼2015-04-09 09:55:00
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

joy11

铜虫 (初入文坛)

是不是只需要将质子化的氢处理一下就可以了,其他的也不用管
joyjoy
4楼2015-04-09 10:55:56
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

joy11

铜虫 (初入文坛)

问题已解决,谢谢
joyjoy
5楼2015-04-09 15:23:44
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 joy11 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +26 yaoyewhu2008 2026-08-20 28/1400 2026-08-26 13:49 by zzuzxg
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见