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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求分析一下测序结果，未得到全长
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soul光

新虫 (初入文坛)

[交流] 求分析一下测序结果，未得到全长 已有7人参与

双向测序自己拼接的结果是这样：

>fhl1cx

ATCCAAGGCCAGTTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCCGGCCGCCATGGCGGCCGCGGGAATTCGATCTCGAGTCACGGAGCATTTTTTGCAGTGGAAGCAGTAGTCGTGCCAGGATTGTCCTTCATAGGCCACCACACTGGAGCCTTTACCAAACCCAGTGATGGGGTTCTTGCATCCAGCACACTTCTTGGCCACAAAGTTCTTGTAGCAATCCACGCAGTAATACTGGTCCTCCACAGCGGTGAAACGCTGCCCAGCCAGCTTCTTAGAGCAGGTAACACACACAAAGCAATCGGCATGCCAGGGCTGATCCTGGTAAGTGATTCCTCCAGATGTGATGGCCTTGTTGCACTTCACGCAATGCTTGGCAAACTTGGTCTCATGGCAAGTCACGCAGTAGAAGTCCTCCCCTTTAGGGAAGAAGCTTCCAGTCCCGATGACTTGCTTGCAGTTACTACAGGTGAAGCAGTCTTTGTGCCAGACGGTCCCCTTGTACTCCACGTTTTGATCTCCTGCCACAATGGCCTTGAAGCACCCCTTGCACTTGGGGGAGTCCTCCCGAGTGGTGCACTTGTTGCACAGGATCTTGTTGTCCTTGGCCACAAAGGTCTCATTGGCCAAGGGGTGAAGGCACTTGGCACAGCGGAAGCAGGTGTCATGCCAGAAGCGGTTCTTATAGTGCACCTCCTTGGAGTCCGCACCGATGGGCTTGCGGCATTCCACACAGGTGTTGGCACAGAACTTGTCAAAGCATTTCAGGCAGCAGTGGTGGCCATCCTTTTGCACATACTTCTTCCCCTGCAAGGGATCCCTGCAGTAGTGGCAGTCAAACTTCTCCGCCATGGTGGCGGCGGTACCCATCACTAGTGAATTCGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGATGCATAGCTTGAGTATTCTATAGTGTCACCTAAATAGCTTGGCGTAATACATGTTCAAAATTTAAAA

NCBI BLAST结果是这样：
（为什么我以variant1设计引物，但是P不出全长？谢谢各位！）

求分析一下测序结果，未得到全长
搜狗截图15年02月09日1306_1.png
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1楼 2015-02-09 14:47:05
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匿名

用户注销 (小有名气)
★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-09 22:14:50
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2楼2015-02-09 19:56:08
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稻稻

铜虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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做一个不动声色的人，不准情绪化，不准回头看。
3楼2015-02-10 06:47:44
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soul光

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gegelove020 at 2015-02-09 19:56:08
是不是方向的问题，测序结果3‘和5’端的方向是不确定的，blast之后看方向唯一吗？不唯一要考虑两种情况，左端可能是3‘也可能是5’，所以分两种情况设计引物。

”blast之后看方向唯一吗“，请问如何看？
”所以分两种情况设计引物“ 是什么意思。。。不好意思，没明白，能再讲解下吗
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4楼2015-02-10 15:43:20
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soul光

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 稻稻 at 2015-02-10 06:47:44
是不是序列太长了？试试网站上的拼接

没明白。不好意思。。。能再说一遍吗
这个测序片段是双向测序的，然后自己用软件拼出来的
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5楼2015-02-10 16:14:22
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chenguestc

木虫 (职业作家)
★
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引物设计的时候是否注意包含全长序列了？
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6楼2015-02-10 20:59:25
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
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7楼2015-02-11 14:49:52
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still2008

至尊木虫 (著名写手)

破碎世界的守护者
★
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测序峰图有没有问题，人工核对过吗？不要一味的相信软件哦

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有时一本正经，有时胡言乱语。
8楼2015-02-11 15:28:58
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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)
★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-12 21:20:46
把你的产物拿去连接T载体或者 你告诉公司用T测序  测序的源文件自己拿来分析 你的序列不全 应该是公司在给你剪切的时候把你的部分峰图片不合格的序列给你删掉了
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生命不息奋斗不止
9楼2015-02-12 19:40:51
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
5楼: Originally posted by soul光 at 2015-02-10 16:14:22
没明白。不好意思。。。能再说一遍吗
这个测序片段是双向测序的，然后自己用软件拼出来的...

你为什么不直接让测序公司拼好……然后看是中间缺失还是两头缺失，两头缺失的话让公司再设计引物测一段看看。

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10楼2015-02-12 21:28:32
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