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soul光

新虫 (初入文坛)

[交流] 求分析一下测序结果,未得到全长 已有7人参与

双向测序自己拼接的结果是这样:

>fhl1cx

ATCCAAGGCCAGTTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCCGGCCGCCATGGCGGCCGCGGGAATTCGATCTCGAGTCACGGAGCATTTTTTGCAGTGGAAGCAGTAGTCGTGCCAGGATTGTCCTTCATAGGCCACCACACTGGAGCCTTTACCAAACCCAGTGATGGGGTTCTTGCATCCAGCACACTTCTTGGCCACAAAGTTCTTGTAGCAATCCACGCAGTAATACTGGTCCTCCACAGCGGTGAAACGCTGCCCAGCCAGCTTCTTAGAGCAGGTAACACACACAAAGCAATCGGCATGCCAGGGCTGATCCTGGTAAGTGATTCCTCCAGATGTGATGGCCTTGTTGCACTTCACGCAATGCTTGGCAAACTTGGTCTCATGGCAAGTCACGCAGTAGAAGTCCTCCCCTTTAGGGAAGAAGCTTCCAGTCCCGATGACTTGCTTGCAGTTACTACAGGTGAAGCAGTCTTTGTGCCAGACGGTCCCCTTGTACTCCACGTTTTGATCTCCTGCCACAATGGCCTTGAAGCACCCCTTGCACTTGGGGGAGTCCTCCCGAGTGGTGCACTTGTTGCACAGGATCTTGTTGTCCTTGGCCACAAAGGTCTCATTGGCCAAGGGGTGAAGGCACTTGGCACAGCGGAAGCAGGTGTCATGCCAGAAGCGGTTCTTATAGTGCACCTCCTTGGAGTCCGCACCGATGGGCTTGCGGCATTCCACACAGGTGTTGGCACAGAACTTGTCAAAGCATTTCAGGCAGCAGTGGTGGCCATCCTTTTGCACATACTTCTTCCCCTGCAAGGGATCCCTGCAGTAGTGGCAGTCAAACTTCTCCGCCATGGTGGCGGCGGTACCCATCACTAGTGAATTCGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGATGCATAGCTTGAGTATTCTATAGTGTCACCTAAATAGCTTGGCGTAATACATGTTCAAAATTTAAAA

NCBI BLAST结果是这样:
(为什么我以variant1设计引物,但是P不出全长?谢谢各位!)

求分析一下测序结果,未得到全长
搜狗截图15年02月09日1306_1.png
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by soul光 at 2015-02-10 16:14:22
没明白。不好意思。。。能再说一遍吗
这个测序片段是双向测序的,然后自己用软件拼出来的...

你为什么不直接让测序公司拼好……然后看是中间缺失还是两头缺失,两头缺失的话让公司再设计引物测一段看看。

[ 发自小木虫客户端 ]
10楼2015-02-12 21:28:32
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匿名

用户注销 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-09 22:14:50
本帖仅楼主可见
2楼2015-02-09 19:56:08
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soul光

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gegelove020 at 2015-02-09 19:56:08
是不是方向的问题,测序结果3‘和5’端的方向是不确定的,blast之后看方向唯一吗?不唯一要考虑两种情况,左端可能是3‘也可能是5’,所以分两种情况设计引物。

”blast之后看方向唯一吗“,请问如何看?
”所以分两种情况设计引物“ 是什么意思。。。不好意思,没明白,能再讲解下吗
4楼2015-02-10 15:43:20
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soul光

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 稻稻 at 2015-02-10 06:47:44
是不是序列太长了?试试网站上的拼接

没明白。不好意思。。。能再说一遍吗
这个测序片段是双向测序的,然后自己用软件拼出来的
5楼2015-02-10 16:14:22
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