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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求分析一下测序结果，未得到全长
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soul光

新虫 (初入文坛)

[交流] 求分析一下测序结果，未得到全长 已有7人参与

双向测序自己拼接的结果是这样：

>fhl1cx

ATCCAAGGCCAGTTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCCGGCCGCCATGGCGGCCGCGGGAATTCGATCTCGAGTCACGGAGCATTTTTTGCAGTGGAAGCAGTAGTCGTGCCAGGATTGTCCTTCATAGGCCACCACACTGGAGCCTTTACCAAACCCAGTGATGGGGTTCTTGCATCCAGCACACTTCTTGGCCACAAAGTTCTTGTAGCAATCCACGCAGTAATACTGGTCCTCCACAGCGGTGAAACGCTGCCCAGCCAGCTTCTTAGAGCAGGTAACACACACAAAGCAATCGGCATGCCAGGGCTGATCCTGGTAAGTGATTCCTCCAGATGTGATGGCCTTGTTGCACTTCACGCAATGCTTGGCAAACTTGGTCTCATGGCAAGTCACGCAGTAGAAGTCCTCCCCTTTAGGGAAGAAGCTTCCAGTCCCGATGACTTGCTTGCAGTTACTACAGGTGAAGCAGTCTTTGTGCCAGACGGTCCCCTTGTACTCCACGTTTTGATCTCCTGCCACAATGGCCTTGAAGCACCCCTTGCACTTGGGGGAGTCCTCCCGAGTGGTGCACTTGTTGCACAGGATCTTGTTGTCCTTGGCCACAAAGGTCTCATTGGCCAAGGGGTGAAGGCACTTGGCACAGCGGAAGCAGGTGTCATGCCAGAAGCGGTTCTTATAGTGCACCTCCTTGGAGTCCGCACCGATGGGCTTGCGGCATTCCACACAGGTGTTGGCACAGAACTTGTCAAAGCATTTCAGGCAGCAGTGGTGGCCATCCTTTTGCACATACTTCTTCCCCTGCAAGGGATCCCTGCAGTAGTGGCAGTCAAACTTCTCCGCCATGGTGGCGGCGGTACCCATCACTAGTGAATTCGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGATGCATAGCTTGAGTATTCTATAGTGTCACCTAAATAGCTTGGCGTAATACATGTTCAAAATTTAAAA

NCBI BLAST结果是这样：
（为什么我以variant1设计引物，但是P不出全长？谢谢各位！）

求分析一下测序结果，未得到全长
搜狗截图15年02月09日1306_1.png
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1楼 2015-02-09 14:47:05
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chenguestc

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引物设计的时候是否注意包含全长序列了？
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6楼2015-02-10 20:59:25
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匿名

用户注销 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-09 22:14:50
本帖仅楼主可见
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2楼2015-02-09 19:56:08
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soul光

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gegelove020 at 2015-02-09 19:56:08
是不是方向的问题，测序结果3‘和5’端的方向是不确定的，blast之后看方向唯一吗？不唯一要考虑两种情况，左端可能是3‘也可能是5’，所以分两种情况设计引物。

”blast之后看方向唯一吗“，请问如何看？
”所以分两种情况设计引物“ 是什么意思。。。不好意思，没明白，能再讲解下吗
赞一下 回复此楼
4楼2015-02-10 15:43:20
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soul光

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 稻稻 at 2015-02-10 06:47:44
是不是序列太长了？试试网站上的拼接

没明白。不好意思。。。能再说一遍吗
这个测序片段是双向测序的，然后自己用软件拼出来的
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5楼2015-02-10 16:14:22
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