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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 知道了某一个物种的全基因组怎么找到某个基因的启动子？
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还重名啊

铜虫 (小有名气)

[求助] 知道了某一个物种的全基因组怎么找到某个基因的启动子？ 已有5人参与

知道了某一个物种的全基因组后，怎么找到某个基因的启动子？已经有了这个基因的CDS。用什么软件或者方法？刚接触该领域，请各前辈不佞指教
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1楼 2015-01-24 00:51:58
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digitalbio

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
还重名啊(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-01-24 20:50:42
ATG上游500-1000bp可以试试。大体就是两个基因间的片段。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2015-01-24 06:38:16
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
区段上游2-3kb，可以用软件也测结构域
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3楼2015-01-24 09:07:36
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还重名啊

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 红卫大兵 at 2015-01-24 09:07:36
区段上游2-3kb，可以用软件也测结构域

怎么在基因组里找一个基因的上游呢？？
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4楼2015-01-24 12:27:49
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sxauzyq

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你不是知道序列吗？就是基因序列上游2k左右的片段
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5楼2015-01-27 12:44:48
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
还重名啊: 金币+1 2015-01-27 23:06:41
我用的是笨办法，把序列拷贝到文件夹里，在文件夹里搜寻，ATG。
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采菊东篱下，悠然见南山。
6楼2015-01-27 15:53:03
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sun_in_night

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2015-02-13 12:54:42
那么多ATG在序列里，你怎么知道哪个是对的，也不知道你的那个ATG读码框对不对。。。一般都有数据库预测的CDS,CDS之前的1k-2k都可以作为启动子。
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7楼2015-01-28 02:11:57
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还重名啊

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sun_in_night at 2015-01-28 02:11:57
那么多ATG在序列里，你怎么知道哪个是对的，也不知道你的那个ATG读码框对不对。。。一般都有数据库预测的CDS,CDS之前的1k-2k都可以作为启动子。

基因组里用CDS肯定不行 因为有内含子
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8楼2015-01-28 23:55:43
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还重名啊

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 781055707 at 2015-01-27 15:53:03
我用的是笨办法，把序列拷贝到文件夹里，在文件夹里搜寻，ATG。

就是把染色体整个复制下来 然后用基因的CDS搜索？
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9楼2015-02-13 09:55:57
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