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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » 一个细胞内大概有多少启动子？（2014/3/30）
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花神之息

铜虫 (小有名气)

[求助] 一个细胞内大概有多少启动子？（2014/3/30） 已有6人参与

题目很不专业，求原谅。。。
本人没学过生物，但是现在非常需要一些DNA结构，基因表达机理的相关信息。
我是在做这样一项事情：用微分方程及反应动力学等工具模拟目标蛋白的转录及翻译过程。
大概过程是：转录因子与DNA上某个表达位点结合，转录出相应的mRNA，mRNA翻译成蛋白质。
由于是一个半定量模拟，所涉及到的物质必须都以浓度或数量表示，现在遇到的问题是：
DNA上某一种特定基因的结合位点（binding sites），其数量或浓度，是一个什么数量级？
（注：某一种特定基因就是指，比如蛋白质A所对应的基因位点，而不考虑其他蛋白质表达位点。）

急需，在线等啊，求大神。。。
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1楼 2014-03-30 20:56:12
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
花神之息: 金币+20, ★有帮助, 3 2014-03-31 09:49:36
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 22:17:45
如果按一个基因一个启动子计算，那大肠杆菌大概是4000，酵母约6000，果蝇1万5不到，人类是2-3万，植物可能会比人类多一点。不同的物种基因数不一样的，你如果不说明“一个细胞”是什么细胞，那就不好定了。转录因子和启动子的结合很简单，但是转录因子为什么和启动子结合就复杂的不得了，不知道你建的模型要考虑多少因素。
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13楼2014-03-30 23:25:14
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
一个基因一个启动子，你可以想象一下

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3楼2014-03-30 21:07:09
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by liuderong at 2014-03-30 23:25:14
如果按一个基因一个启动子计算，那大肠杆菌大概是4000，酵母约6000，果蝇1万5不到，人类是2-3万，植物可能会比人类多一点。不同的物种基因数不一样的，你如果不说明“一个细胞”是什么细胞，那就不好定了。转录因子 ...

灰常灰常感谢这位朋友，其实我只要知道一个大概数量级就行了，比如10e-3到10e-5
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17楼2014-03-31 09:26:19
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by yudaoqian88 at 2014-03-31 01:05:44
做的好高级呀！比俺们天天跑胶有前途！真核生物启动子和基因是一一对应的，有多少基因就有多少启东子！原核一个启东子对应多条相关基因！一个细胞某一特定时刻表达的基因一般占总基因的15%左右！具体多少个基因就看 ...

非常感谢！问题具体点是：比如人体巨噬细胞（macrophage，随便哪一种），其中表达IL-6（白介素-6）的基因，大概是什么数量级呢？
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19楼2014-03-31 09:31:07
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花神之息

铜虫 (小有名气)
灌水也行啊 求给点看法
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2楼2014-03-30 20:58:50
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Fleaves at 2014-03-30 21:07:09
一个基因一个启动子，你可以想象一下

DNA/基因、启动子、表达位点这些概念我真的不是很清楚。
不过，根据生物实验文献，我设想的情况大概是这样的：DNA是一根长长的线，线上游很多特定的点，核内转录因子都游离在线的周围，转录因子只有结合到这些点上，才能触发表达事件。所以这些点应该也可以用数量表达。。。
只是我自己想的
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4楼2014-03-30 21:13:15
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-30 21:13:15
DNA/基因、启动子、表达位点这些概念我真的不是很清楚。
不过，根据生物实验文献，我设想的情况大概是这样的：DNA是一根长长的线，线上游很多特定的点，核内转录因子都游离在线的周围，转录因子只有结合到这些点上 ...

转录因子是DNA上的序列，你还是找本书好好看看吧

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5楼2014-03-30 21:19:16
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Fleaves at 2014-03-30 21:19:16
转录因子是DNA上的序列，你还是找本书好好看看吧
...

不好意思，给你说错了

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6楼2014-03-30 21:21:31
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Fleaves at 2014-03-30 21:21:31
不好意思，给你说错了
...

刚才脑袋犯傻，以为你说的是启动子

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7楼2014-03-30 21:22:18
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Fleaves at 2014-03-30 21:19:16
转录因子是DNA上的序列，你还是找本书好好看看吧
...

首先非常感谢回答！
如果转录因子(transcription factor)是DNA上的序列(one part of DNA sequence)，那和我看的文献完全不一样啊
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8楼2014-03-30 21:23:55
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-30 21:13:15
DNA/基因、启动子、表达位点这些概念我真的不是很清楚。
不过，根据生物实验文献，我设想的情况大概是这样的：DNA是一根长长的线，线上游很多特定的点，核内转录因子都游离在线的周围，转录因子只有结合到这些点上 ...

还有这个基因的表达在不同的细胞和不同的时间上都是不一样的

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9楼2014-03-30 21:24:26
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Fleaves at 2014-03-30 21:22:18
刚才脑袋犯傻，以为你说的是启动子
...

没关系，灰常感谢回答啊
好纠结，文献都无从找起
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10楼2014-03-30 21:25:12
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