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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » 一个细胞内大概有多少启动子？（2014/3/30）
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by lansong9783 at 2014-03-31 03:16:58
你做的很有意思，但是现在还没法定量说有多少启动子，并且转录因子进核转录需要一些信号刺激，并且现在也没法定量核内有多少转录因子，而有些转录因子结合DNA后会空间位阻影响其他转录因子结合。我不知道你怎么建立 ...

非常感谢！其实我做的就是细胞信号转到数学模拟。主要针对的问题就是细胞内反应跨尺度。有的反应分子数非常多，可以按一般化学反应处理，用微分方程、动力学等决定性的描述；另一些反应，比如转录和翻译，参与的粒子数有时很少，甚至达不到连续性假设，所以要做一些特殊处理。
参数有些是从实验文献提取，其实还有大部分不知道的（包括实验上），就只能先知道一个大概数量级，正如上面我问你们的，然后把你们做实验的结果作为目标函数。。。做global sensitivity analysis,identifiability analysis,parameter estimation等等，最后确定模型，一句话，非常扯蛋。。。
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21楼2014-03-31 09:41:19
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-31 09:31:07
非常感谢！问题具体点是：比如人体巨噬细胞（macrophage，随便哪一种），其中表达IL-6（白介素-6）的基因，大概是什么数量级呢？...

对于人而言，正常细胞都是2倍体，IL-6这种单拷贝基因，如果没有基因印记，也就只有2个。
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22楼2014-03-31 09:41:50
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
22楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-03-31 09:41:50
对于人而言，正常细胞都是2倍体，IL-6这种单拷贝基因，如果没有基因印记，也就只有2个。...

啊！！！！？？？
那我很难想像，一个细胞，他能极短时间内表达出成千上万分子数的蛋白质或多肽产物，而实际基因就两个。。。。
要知道转录因子的数量是可以用摩尔浓度来表示的（也就是粒子数量非常多），这样，情况就变成，几十万A分子都等着和2个B分子反应，并且短时间内生成大量产物。。。
这完全超出了化学反应的框架啊，无法想象。。
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23楼2014-03-31 09:46:33
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-03-31 09:40:18
你这个是生物物理学的范畴，这个已经有一些模型。
这个我比较生疏，书也不在手边，但是我肯定看到过
建议你去找到这本刚翻译过来不久的《细胞的生物物理学》，里面肯定有转录模型
这本书的其他内容对你应该也有很 ...

非常感谢资料，我也看过不少方面的书，但是做这块的，方法还是很不成熟，存在很多要深究的地方。
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24楼2014-03-31 09:56:54
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)
你分子生物学的背景知识需要强化一下
转录因子是一个多对1的概念，没有说一个启动子就对全部的转录因子。
启动子也分成组成型的和调控型的。
更重要的是，转录因子还是一个组合调控的概念，有的是核心成分，有的是正调控成分，有的是负调控成分，每一种不同情况的组合对转录有着不同的影响。
细胞内的蛋白种类很多，其实大多数浓度都非常低
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25楼2014-03-31 09:58:42
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
25楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-03-31 09:58:42
你分子生物学的背景知识需要强化一下
转录因子是一个多对1的概念，没有说一个启动子就对全部的转录因子。
启动子也分成组成型的和调控型的。
更重要的是，转录因子还是一个组合调控的概念，有的是核心成分，有的 ...

非常感谢！。。
分子生物学我压根就没学过呀~~~~
我是化学物理专业的，生物最多也就设计到过生物化学基础。
请问这方面的信息可以参考哪些书籍呢？非常感谢
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26楼2014-03-31 10:02:55
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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)
理论上一个基因一个promoter,也有几个基因同时使用一个启动子的情况。
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生命不息奋斗不止
27楼2014-03-31 10:58:19
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人
引用回帖:
19楼: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-31 09:31:07
非常感谢！问题具体点是：比如人体巨噬细胞（macrophage，随便哪一种），其中表达IL-6（白介素-6）的基因，大概是什么数量级呢？...

我外行，不懂呀哈！坐等高手指教！
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特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
28楼2014-03-31 11:03:47
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花神之息

铜虫 (小有名气)
此帖终结！
问题已解决：一个细胞内某一特定基因缺失只有一个（two gene copies），而转录与翻译的实际时间尺度大概是秒的量级（由此推测速率），因此这个过程是不能用常规的化学反应来模拟的，只能做简化近似。
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29楼2014-03-31 16:49:47
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
29楼: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-31 16:49:47
此帖终结！
问题已解决：一个细胞内某一特定基因缺失只有一个（two gene copies），而转录与翻译的实际时间尺度大概是秒的量级（由此推测速率），因此这个过程是不能用常规的化学反应来模拟的，只能做简化近似。

缺失-->确实，打错
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30楼2014-03-31 16:57:16
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