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花神之息

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by lansong9783 at 2014-03-31 03:16:58
你做的很有意思,但是现在还没法定量说有多少启动子,并且转录因子进核转录需要一些信号刺激,并且现在也没法定量核内有多少转录因子,而有些转录因子结合DNA后会空间位阻影响其他转录因子结合。我不知道你怎么建立 ...

非常感谢!其实我做的就是细胞信号转到数学模拟。主要针对的问题就是细胞内反应跨尺度。有的反应分子数非常多,可以按一般化学反应处理,用微分方程、动力学等决定性的描述;另一些反应,比如转录和翻译,参与的粒子数有时很少,甚至达不到连续性假设,所以要做一些特殊处理。
参数有些是从实验文献提取,其实还有大部分不知道的(包括实验上),就只能先知道一个大概数量级,正如上面我问你们的,然后把你们做实验的结果作为目标函数。。。做global sensitivity analysis,identifiability analysis,parameter estimation等等,最后确定模型,一句话,非常扯蛋。。。
21楼2014-03-31 09:41:19
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-31 09:31:07
非常感谢!问题具体点是:比如人体巨噬细胞(macrophage,随便哪一种),其中表达IL-6(白介素-6)的基因,大概是什么数量级呢?...

对于人而言,正常细胞都是2倍体,IL-6这种单拷贝基因,如果没有基因印记,也就只有2个。
22楼2014-03-31 09:41:50
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花神之息

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
22楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-03-31 09:41:50
对于人而言,正常细胞都是2倍体,IL-6这种单拷贝基因,如果没有基因印记,也就只有2个。...

啊!!!!???
那我很难想像,一个细胞,他能极短时间内表达出成千上万分子数的蛋白质或多肽产物,而实际基因就两个。。。。
要知道转录因子的数量是可以用摩尔浓度来表示的(也就是粒子数量非常多),这样,情况就变成,几十万A分子都等着和2个B分子反应,并且短时间内生成大量产物。。。
这完全超出了化学反应的框架啊,无法想象。。
23楼2014-03-31 09:46:33
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花神之息

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
20楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-03-31 09:40:18
你这个是生物物理学的范畴,这个已经有一些模型。
这个我比较生疏,书也不在手边,但是我肯定看到过
建议你去找到这本刚翻译过来不久的《细胞的生物物理学》,里面肯定有转录模型
这本书的其他内容对你应该也有很 ...

非常感谢资料,我也看过不少方面的书,但是做这块的,方法还是很不成熟,存在很多要深究的地方。
24楼2014-03-31 09:56:54
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

你分子生物学的背景知识需要强化一下
转录因子是一个多对1的概念,没有说一个启动子就对全部的转录因子。
启动子也分成组成型的和调控型的。
更重要的是,转录因子还是一个组合调控的概念,有的是核心成分,有的是正调控成分,有的是负调控成分,每一种不同情况的组合对转录有着不同的影响。
细胞内的蛋白种类很多,其实大多数浓度都非常低
25楼2014-03-31 09:58:42
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花神之息

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
25楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-03-31 09:58:42
你分子生物学的背景知识需要强化一下
转录因子是一个多对1的概念,没有说一个启动子就对全部的转录因子。
启动子也分成组成型的和调控型的。
更重要的是,转录因子还是一个组合调控的概念,有的是核心成分,有的 ...

非常感谢!。。
分子生物学我压根就没学过呀~~~~
我是化学物理专业的,生物最多也就设计到过生物化学基础。
请问这方面的信息可以参考哪些书籍呢?非常感谢
26楼2014-03-31 10:02:55
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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)

理论上一个基因一个promoter,也有几个基因同时使用一个启动子的情况。
生命不息奋斗不止
27楼2014-03-31 10:58:19
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

引用回帖:
19楼: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-31 09:31:07
非常感谢!问题具体点是:比如人体巨噬细胞(macrophage,随便哪一种),其中表达IL-6(白介素-6)的基因,大概是什么数量级呢?...

我外行,不懂呀哈!坐等高手指教!
特别喜欢家门口开门的瞬间,宝宝那个高兴呀,蹦蹦跳跳,好不热闹!
28楼2014-03-31 11:03:47
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花神之息

铜虫 (小有名气)

此帖终结!
问题已解决:一个细胞内某一特定基因缺失只有一个(two gene copies),而转录与翻译的实际时间尺度大概是秒的量级(由此推测速率),因此这个过程是不能用常规的化学反应来模拟的,只能做简化近似。
29楼2014-03-31 16:49:47
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花神之息

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
29楼: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-31 16:49:47
此帖终结!
问题已解决:一个细胞内某一特定基因缺失只有一个(two gene copies),而转录与翻译的实际时间尺度大概是秒的量级(由此推测速率),因此这个过程是不能用常规的化学反应来模拟的,只能做简化近似。

缺失-->确实,打错
30楼2014-03-31 16:57:16
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