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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » 一个细胞内大概有多少启动子？（2014/3/30）
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Fleaves at 2014-03-30 21:24:26
还有这个基因的表达在不同的细胞和不同的时间上都是不一样的
...

嗯，cell-type-specific and sensitive to gene microenvironment.但是做模拟不能面面俱到，只能非常粗略的简化处理。。。
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11楼2014-03-30 21:28:06
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
11楼: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-30 21:28:06
嗯，cell-type-specific and sensitive to gene microenvironment.但是做模拟不能面面俱到，只能非常粗略的简化处理。。。...

这样的话，我觉得你最好先选定你的研究对象吧

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12楼2014-03-30 21:33:13
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
花神之息: 金币+20, ★有帮助, 3 2014-03-31 09:49:36
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 22:17:45
如果按一个基因一个启动子计算，那大肠杆菌大概是4000，酵母约6000，果蝇1万5不到，人类是2-3万，植物可能会比人类多一点。不同的物种基因数不一样的，你如果不说明“一个细胞”是什么细胞，那就不好定了。转录因子和启动子的结合很简单，但是转录因子为什么和启动子结合就复杂的不得了，不知道你建的模型要考虑多少因素。
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13楼2014-03-30 23:25:14
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怎么都行

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 22:23:11
正如楼上所说，不同的物种基因组大小不一样，基因的数目也就千差万别，真核生物基本上是每个真实表达的基因都有启动子区，可从该物种的表达谱倒推出有多少启动子，但不排除基因组中某些假基因（pseudogene）还保留着启动子的可能。原核生物基因数目少，甚至还有重叠基因使用基因组中同一段序列，相同的转录因子结合区。所以你这个题目需要具体到物种来分析。
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14楼2014-03-31 00:48:30
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 22:23:20
做的好高级呀！比俺们天天跑胶有前途！真核生物启动子和基因是一一对应的，有多少基因就有多少启东子！原核一个启东子对应多条相关基因！一个细胞某一特定时刻表达的基因一般占总基因的15%左右！具体多少个基因就看什么生物了！

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特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
15楼2014-03-31 01:05:44
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lansong9783

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 22:23:29
你做的很有意思，但是现在还没法定量说有多少启动子，并且转录因子进核转录需要一些信号刺激，并且现在也没法定量核内有多少转录因子，而有些转录因子结合DNA后会空间位阻影响其他转录因子结合。我不知道你怎么建立模型，怎么设定参数？

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16楼2014-03-31 03:16:58
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by liuderong at 2014-03-30 23:25:14
如果按一个基因一个启动子计算，那大肠杆菌大概是4000，酵母约6000，果蝇1万5不到，人类是2-3万，植物可能会比人类多一点。不同的物种基因数不一样的，你如果不说明“一个细胞”是什么细胞，那就不好定了。转录因子 ...

灰常灰常感谢这位朋友，其实我只要知道一个大概数量级就行了，比如10e-3到10e-5
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17楼2014-03-31 09:26:19
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 怎么都行 at 2014-03-31 00:48:30
正如楼上所说，不同的物种基因组大小不一样，基因的数目也就千差万别，真核生物基本上是每个真实表达的基因都有启动子区，可从该物种的表达谱倒推出有多少启动子，但不排除基因组中某些假基因（pseudogene）还保留着 ...

非常感谢，能得到内行的详细观点
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18楼2014-03-31 09:28:05
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花神之息

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by yudaoqian88 at 2014-03-31 01:05:44
做的好高级呀！比俺们天天跑胶有前途！真核生物启动子和基因是一一对应的，有多少基因就有多少启东子！原核一个启东子对应多条相关基因！一个细胞某一特定时刻表达的基因一般占总基因的15%左右！具体多少个基因就看 ...

非常感谢！问题具体点是：比如人体巨噬细胞（macrophage，随便哪一种），其中表达IL-6（白介素-6）的基因，大概是什么数量级呢？
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19楼2014-03-31 09:31:07
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 22:23:39
你这个是生物物理学的范畴，这个已经有一些模型。
这个我比较生疏，书也不在手边，但是我肯定看到过
建议你去找到这本刚翻译过来不久的《细胞的生物物理学》，里面肯定有转录模型
这本书的其他内容对你应该也有很大帮助
http://www.amazon.cn/%E7%BB%86%E ... 9%E7%90%86%E5%AD%A6
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20楼2014-03-31 09:40:18
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