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bikexmx

铜虫 (小有名气)

[求助] 16S鉴定及新菌判定问题 已有3人参与

我最近在对细菌16SrRNA进行测序,但是将一些测序的结果进行Blast同源性分析发现相似性小于97%,按理说应该是初步确定为新菌,细看比对结果发现,相似性较低的区域好多都分布在3‘端或5’端,所以觉得有些奇怪,会不会是在PCR的过程中出现的问题?还是确实就是新菌?我每个重复测了三次,但是结果都是一样的。还请大家帮忙!!谢谢~~~
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BinBinzjb

铁虫 (初入文坛)

你是PCR产物直接测序然后拼接还是克隆测序?
守得了黑夜
2楼2015-01-14 16:52:00
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bikexmx

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by BinBinzjb at 2015-01-14 16:52:00
你是PCR产物直接测序然后拼接还是克隆测序?

有小部分是直接PCR产物测序,大多数是PCR产物直接测序和克隆测序都做了,结果是差不多的,顶多差1-2个碱基
前方总有更多挑战,战胜恐惧,勇往向前,加油~~~~
3楼2015-01-14 16:57:22
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BinBinzjb

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bikexmx at 2015-01-14 16:57:22
有小部分是直接PCR产物测序,大多数是PCR产物直接测序和克隆测序都做了,结果是差不多的,顶多差1-2个碱基...

PCR产物直接测序的话,序列前后两端差不多有60-70个碱基是测不准的。若克隆做了还是跟PCR直接测序结果一样的话,那应该是序列的真实情况的。还有细菌新种的确定,除了分子方面,还要做很多生理生化方面的实验。
守得了黑夜
4楼2015-01-14 17:07:26
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microbhbu

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
同意楼上!即便确定同源性在97以下,也不一定是新菌。只有DNA-DNA杂交同源性在70%以下才可定新种,同时也要有其它指标作为辅助。先做个系统树看看吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2015-01-15 06:26:11
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c0985338

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
bikexmx: 金币+9 2015-01-16 09:10:49
??????f??
PCR?^???п?????в???DNA???Юa???`??
?l???????e?`??C???????????ε???????(3'??5'??)??
???????????????L?????a????
????16S rDNA?????β????L????????Д???N???????
??????Д????М?_???
????}?u??16S rDNA?????L?????1500 bp?????
?x???????Εr?????????S??????????D?V(???peak??D?V?????peak???????base)??
peak????sharp?????_??????
????????Y?x???????ι????c?L???
?@???NCBI blast??_??????(?p???`??)??
????
????N?a????????????16S rDNA??
???????Щ??????????????y???????? ex: gyrB gene??recA???
???DNA-DNA hybridization??
??????????????????y???
?????????Y??????fatty acid??quinone?M????
?@???a???Y???????^??_......
6楼2015-01-15 08:41:45
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clark2010

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
bikexmx: 金币+1 2015-01-16 09:10:53
看一下测序峰图,在头上和末端的峰会很乱,很多杂峰,这部分的序列都是不准的,手动把这些序列去掉,然后再去比对得到的结果才比较准确。一般如果我做的话,100bp之前和800 bp(峰图好的话就1000 bp)以后的都是要去掉的。
7楼2015-01-15 08:51:06
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