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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 16S鉴定及新菌判定问题
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bikexmx

铜虫 (小有名气)

[求助] 16S鉴定及新菌判定问题 已有3人参与

我最近在对细菌16SrRNA进行测序，但是将一些测序的结果进行Blast同源性分析发现相似性小于97%，按理说应该是初步确定为新菌，细看比对结果发现，相似性较低的区域好多都分布在3‘端或5’端，所以觉得有些奇怪，会不会是在PCR的过程中出现的问题？还是确实就是新菌？我每个重复测了三次，但是结果都是一样的。还请大家帮忙！！谢谢~~~
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前方总有更多挑战，战胜恐惧，勇往向前，加油~~~~
1楼 2015-01-14 16:41:37
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clark2010

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
bikexmx: 金币+1 2015-01-16 09:10:53
看一下测序峰图，在头上和末端的峰会很乱，很多杂峰，这部分的序列都是不准的，手动把这些序列去掉，然后再去比对得到的结果才比较准确。一般如果我做的话，100bp之前和800 bp（峰图好的话就1000 bp）以后的都是要去掉的。
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7楼2015-01-15 08:51:06
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BinBinzjb

铁虫 (初入文坛)
你是PCR产物直接测序然后拼接还是克隆测序？
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守得了黑夜
2楼2015-01-14 16:52:00
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bikexmx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by BinBinzjb at 2015-01-14 16:52:00
你是PCR产物直接测序然后拼接还是克隆测序？

有小部分是直接PCR产物测序，大多数是PCR产物直接测序和克隆测序都做了，结果是差不多的，顶多差1-2个碱基
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前方总有更多挑战，战胜恐惧，勇往向前，加油~~~~
3楼2015-01-14 16:57:22
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BinBinzjb

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bikexmx at 2015-01-14 16:57:22
有小部分是直接PCR产物测序，大多数是PCR产物直接测序和克隆测序都做了，结果是差不多的，顶多差1-2个碱基...

PCR产物直接测序的话，序列前后两端差不多有60-70个碱基是测不准的。若克隆做了还是跟PCR直接测序结果一样的话，那应该是序列的真实情况的。还有细菌新种的确定，除了分子方面，还要做很多生理生化方面的实验。
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守得了黑夜
4楼2015-01-14 17:07:26
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