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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 救急：如何确定同一个种的两株菌是否为同一株菌
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 救急：如何确定同一个种的两株菌是否为同一株菌 已有7人参与

如题，也可理解为我从网上买过两次标准菌，我该通过分子生物学中哪个方法确认这两株是同一株菌。

请大家帮帮忙
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
1楼 2014-01-17 16:16:38
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by zhangxingc at 2014-01-21 14:17:19
那同一来源是什么概念呢？
表示就是同一菌吗？
那是不是同源性分析呢？

同一个种进行酶切，是RAPD还是RFLP还是其他什么的呢？...

比如你一个菌转接两株菌，你能说这两株菌是同一株菌吗？我觉得用同一来源相对合适点，可能有更专业的名词。

酶切的话，用一种或几种酶，分析其带型是否一致。原理上和指纹图谱差不多。如果你有精力，当然可以做RFLP，此处所说的是RFLP的前期步骤，已经可以提供一定证据了。

针对你的情况，其实做DNA-DNA杂交是最合适的。
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做一个阳光、开朗的小和尚
16楼2014-01-21 18:19:21
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若溪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-01-24 16:12:20
zhangxingc: 金币+3, ★★★很有帮助, 这是一种新的考虑思路，我还是第一次听说 2014-01-26 11:36:47
我觉得这个类似菌株鉴定，我以前做过细菌的，一般是克隆保守序列16S，扩增产物送去测序，测序结果去NCBI进行Blast,可以查出属于哪一种属，如果你是对两株菌进行鉴定看是否一样，完全可以直接用DNAman直接比对，如果差异碱基不超过3个既可以看成是一株菌
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没有比脚更长的路，没有比人更高的山
26楼2014-01-24 15:43:57
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普通回帖

pengyaotc

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
克隆保守序列，跑胶比较

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2楼2014-01-17 18:06:31
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-18 20:18:09
zhangxingc: 金币+10, ★★★很有帮助, 多次热心有效应助，非常感谢 2014-01-22 09:29:57
常用菌株有基因型说明，根据这些特征可以验证两株菌是否同一来源。
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做一个阳光、开朗的小和尚
3楼2014-01-18 11:19:01
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-18 20:18:14
我没做过这个。但是我们实验室有确定真菌的。就是扩增，测序。
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4楼2014-01-18 11:25:03
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pengyaotc at 2014-01-17 18:06:31
克隆保守序列，跑胶比较

克隆保守序列？这样跑出来的条带应该是一样的吧？如何能区分呢？
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
5楼2014-01-20 08:42:40
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-01-18 11:19:01
常用菌株有基因型说明，根据这些特征可以验证两株菌是否同一来源。

请问有具体的验证方法吗？
希望你能帮帮我，现在着急做出来，不然年都不好过呀
金币大量奉上
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
6楼2014-01-20 08:44:21
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pengyaotc

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2014-01-24 16:11:29
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangxingc at 2014-01-20 08:42:40
克隆保守序列？这样跑出来的条带应该是一样的吧？如何能区分呢？...

种间区分的话保守序列能区分开啊，种内的话就用特异性序列呗。你是要确定两个菌株为同一种的话用高度保守序列就能证明啊

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7楼2014-01-20 08:59:13
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pengyaotc

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangxingc at 2014-01-20 08:44:21
请问有具体的验证方法吗？
希望你能帮帮我，现在着急做出来，不然年都不好过呀
金币大量奉上...

他的意思是根据菌落特征可以鉴别

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8楼2014-01-20 09:00:10
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pengyaotc

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by pengyaotc at 2014-01-20 08:59:13
种间区分的话保守序列能区分开啊，种内的话就用特异性序列呗。你是要确定两个菌株为同一种的话用高度保守序列就能证明啊
...

跑出来一样的就对了

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9楼2014-01-20 09:01:07
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-01-24 16:11:39
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangxingc at 2014-01-20 08:44:21
请问有具体的验证方法吗？
希望你能帮帮我，现在着急做出来，不然年都不好过呀
金币大量奉上...

1、参考伯杰氏手册或文献，做几个重要的理化特征方面的比较；
2. 细菌的话，做个16S序列或其他保守基因或MLSA的比较；真菌的话，ITS是个不错的选择；
3. 参考文献，看是否有针对该菌的特异性PCR引物，可以做一个简单的PCR实验；
4. 使用几种内切酶进行酶切，电泳比较带型，看是否一致；
5. 其他分子标记；

方法很多，综合几个证据，基本上能说明两者是否同一来源（“两株菌是同一株菌”的说法不太合适）。
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做一个阳光、开朗的小和尚
10楼2014-01-20 10:39:23
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