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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 救急：如何确定同一个种的两株菌是否为同一株菌
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 无以终夏 at 2014-01-21 21:53:57
国际上使用比较多的是脉冲场电泳分型技术(PFGE)这个可以通过直观的方式看出两株菌是否具有亲缘关系。
另外一个办法就是通过PCR扩增菌株的保守序列部分然后比对，我毕业实验中使用到的MLST分型技术就是其中之一
...

根据百度百科，PFGE是一种分离大分子DNA的方法。
而我要检测的菌株的同源性肯定非常高，理论上应该是对小分子段的差异进行比较，可能PFGE不适合
PCR扩增菌株的保守序列采用哪一段的啊？我先通过16S rRNA测序，通过NCBI上Blast比对确认到同一个种。然后想进一步比较是否为同一株
MLST分型技术可能用于种间更合适
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
21楼2014-01-22 09:52:13
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
引用回帖:
20楼: Originally posted by zhangxingc at 2014-01-22 09:28:10
课题需要啊专家...

种之间的鉴定我知道有人是怎么做的，但种内的菌株.....................没注意过，我没看过研究得这么精细的论文，这方面我不是专家。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
22楼2014-01-22 17:57:25
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2014-01-22 17:57:25
种之间的鉴定我知道有人是怎么做的，但种内的菌株.....................没注意过，我没看过研究得这么精细的论文，这方面我不是专家。...

谢谢专家
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
23楼2014-01-23 10:38:31
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
期待更多回复
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
24楼2014-01-23 17:27:38
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cz6633

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

用AFLP试一下，选好引物，区分度很高的。
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25楼2014-01-24 13:37:41
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若溪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-01-24 16:12:20
zhangxingc: 金币+3, ★★★很有帮助, 这是一种新的考虑思路，我还是第一次听说 2014-01-26 11:36:47
我觉得这个类似菌株鉴定，我以前做过细菌的，一般是克隆保守序列16S，扩增产物送去测序，测序结果去NCBI进行Blast,可以查出属于哪一种属，如果你是对两株菌进行鉴定看是否一样，完全可以直接用DNAman直接比对，如果差异碱基不超过3个既可以看成是一株菌
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没有比脚更长的路，没有比人更高的山
26楼2014-01-24 15:43:57
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
26楼: Originally posted by 若溪 at 2014-01-24 15:43:57
我觉得这个类似菌株鉴定，我以前做过细菌的，一般是克隆保守序列16S，扩增产物送去测序，测序结果去NCBI进行Blast,可以查出属于哪一种属，如果你是对两株菌进行鉴定看是否一样，完全可以直接用DNAman直接比对，如果 ...

是吗？如果能这样认定那就太好了。
那请问你有“16SrDNA序列差异碱基不超过3个就可视为同一株”这样的发表文献吗？我需要拿它作证明
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
27楼2014-01-26 11:36:23
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g0945111

木虫 (小有名气)
引用回帖:
26楼: Originally posted by 若溪 at 2014-01-24 15:43:57
我觉得这个类似菌株鉴定，我以前做过细菌的，一般是克隆保守序列16S，扩增产物送去测序，测序结果去NCBI进行Blast,可以查出属于哪一种属，如果你是对两株菌进行鉴定看是否一样，完全可以直接用DNAman直接比对，如果 ...

问下，这个三个碱基的根据是怎么来的呢
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28楼2018-09-11 22:17:44
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