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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 救急：如何确定同一个种的两株菌是否为同一株菌
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-01-20 10:39:23
1、参考伯杰氏手册或文献，做几个重要的理化特征方面的比较；
2. 细菌的话，做个16S序列或其他保守基因或MLSA的比较；真菌的话，ITS是个不错的选择；
3. 参考文献，看是否有针对该菌的特异性PCR引物，可以做一个 ...

补充一点：鉴于你是想证明两株菌是否从同一株菌分离而来，最简单、有效，且只要一个实验就能证明的是DNA-DNA杂交。

理论上来说，杂交结果应该100%相似；当然〉90%也是可以接受的。
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做一个阳光、开朗的小和尚
11楼2014-01-20 10:55:37
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pengyaotc at 2014-01-20 08:59:13
种间区分的话保守序列能区分开啊，种内的话就用特异性序列呗。你是要确定两个菌株为同一种的话用高度保守序列就能证明啊
...

到种就用16S就解决了，问题是都是一个种，但是不是同一株就是个疑问了
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
12楼2014-01-21 13:09:39
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pengyaotc at 2014-01-20 09:00:10
他的意思是根据菌落特征可以鉴别
...

谢谢
但显然不行
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
13楼2014-01-21 13:10:17
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-01-20 10:39:23
1、参考伯杰氏手册或文献，做几个重要的理化特征方面的比较；
2. 细菌的话，做个16S序列或其他保守基因或MLSA的比较；真菌的话，ITS是个不错的选择；
3. 参考文献，看是否有针对该菌的特异性PCR引物，可以做一个 ...

那同一来源是什么概念呢？
表示就是同一菌吗？
那是不是同源性分析呢？

同一个种进行酶切，是RAPD还是RFLP还是其他什么的呢？
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
14楼2014-01-21 14:17:19
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半生一梦

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-01-24 16:11:55
只扩增ITS或者16s测序的话好像只能确定到属
做DGGE貌似可以
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15楼2014-01-21 16:47:47
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by zhangxingc at 2014-01-21 14:17:19
那同一来源是什么概念呢？
表示就是同一菌吗？
那是不是同源性分析呢？

同一个种进行酶切，是RAPD还是RFLP还是其他什么的呢？...

比如你一个菌转接两株菌，你能说这两株菌是同一株菌吗？我觉得用同一来源相对合适点，可能有更专业的名词。

酶切的话，用一种或几种酶，分析其带型是否一致。原理上和指纹图谱差不多。如果你有精力，当然可以做RFLP，此处所说的是RFLP的前期步骤，已经可以提供一定证据了。

针对你的情况，其实做DNA-DNA杂交是最合适的。
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做一个阳光、开朗的小和尚
16楼2014-01-21 18:19:21
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
为什么要做这个实验？
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
17楼2014-01-21 21:25:24
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无以终夏

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

国际上使用比较多的是脉冲场电泳分型技术(PFGE)这个可以通过直观的方式看出两株菌是否具有亲缘关系。
另外一个办法就是通过PCR扩增菌株的保守序列部分然后比对，我毕业实验中使用到的MLST分型技术就是其中之一

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This too shall pass
18楼2014-01-21 21:53:57
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-01-21 18:19:21
比如你一个菌转接两株菌，你能说这两株菌是同一株菌吗？我觉得用同一来源相对合适点，可能有更专业的名词。

酶切的话，用一种或几种酶，分析其带型是否一致。原理上和指纹图谱差不多。如果你有精力，当然可以做 ...

谢谢，很专业的回答啊
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
19楼2014-01-22 09:27:49
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2014-01-21 21:25:24
为什么要做这个实验？

课题需要啊专家
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
20楼2014-01-22 09:28:10
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