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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 知道亚种如何找现成的16S rRNA鉴定引物？
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zoeye

金虫 (小有名气)

[求助] 知道亚种如何找现成的16S rRNA鉴定引物？ 已有2人参与

各位前辈
我想用PCR的方法鉴定某一特定的微生物亚型
有什么数据库能找到现成的引物吗？

或者通用引物要怎么找？
是不同的可变区引物不同？
如果我之前用V4-V5可变区的通用引物 并不能区分这几个微生物
换可变区的引物有用吗？

谢谢
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1楼 2014-08-04 15:38:42
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499649610

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zoeye: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-08-07 10:04:13
引用回帖:
8楼: Originally posted by zoeye at 2014-08-06 16:39:47
感谢您的回复

做MLSA的前提是不是必须分离出单一菌落再进行PCR鉴定？
我现在是已知自己关注的菌是什么
要在混合样本里面找出我关注的菌 也可以做MLSA吗？
MLSA是结合多个保守基因进行PCR对吧
既然是保守基因 ...

看家基因，指的是种属中特意的看家基因，其往往存在种属的保守区，和部分变异区，利用你关注的菌株的看家基因可以进行PCR，别的属的菌株是无法扩增出来的（常用的如染色体复制起始因子基因、热激蛋白基因、重组修复蛋白基因等），然后再根据进化分析定种。如果你的样本中存在多个该属的菌株，可能要单独分离才行。
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9楼2014-08-07 09:00:08
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普通回帖

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
刚回答了你一个问题。。。

现成引物啊，最好找paper，数据库记得有个Q-bank（欧洲的）。

16s序列全长的或者可变区的通用引物显然极难区分不同细菌的，毕竟是通用的。
有差异才能区分。
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做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-08-05 08:45:03
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zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-08-05 08:45:03
刚回答了你一个问题。。。

现成引物啊，最好找paper，数据库记得有个Q-bank（欧洲的）。

16s序列全长的或者可变区的通用引物显然极难区分不同细菌的，毕竟是通用的。
有差异才能区分。

我刚搜了 Q-bank貌似是做植物的
我的菌都是人口腔中的
并且我想知道 我发现的微生物也许不是新的 但是之前都没有人在口腔里报道过 这个能不能算一个新发现呢
并且 我怎么判断这个菌到底是有益还是有害的呢
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3楼2014-08-05 09:07:28
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zoeye at 2014-08-05 09:07:28
我刚搜了 Q-bank貌似是做植物的
我的菌都是人口腔中的
并且我想知道 我发现的微生物也许不是新的 但是之前都没有人在口腔里报道过 这个能不能算一个新发现呢
并且 我怎么判断这个菌到底是有益还是有害的呢...

你是要做微生物鉴定？

可以16S序列+形态、生理生化指标+其它证据（很多类型，但必不可少）。如果是新种，一般要做DNA-DNA杂交（有人只做了MLSA）；当然全基因组测序也可以啊。

记得美国有个微生物组计划，通过高通量测序检测人体各个部位的微生物构成，文章发了一大批了。你确定没有人报道过？

至于有益有害，你们做药理的更清楚怎么做啊。
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做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-08-05 09:55:11
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zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-08-05 09:55:11
你是要做微生物鉴定？

可以16S序列+形态、生理生化指标+其它证据（很多类型，但必不可少）。如果是新种，一般要做DNA-DNA杂交（有人只做了MLSA）；当然全基因组测序也可以啊。

记得美国有个微生物组计划，通 ...

16S+形态 不是需要把每个样本都培养 找单一菌落吗
我们前期测序结果显示的是样本中都应该有的 但我培养的时候不知道是不是没混匀还是别的什么原因 不是都能长 所以我就想用PCR的方法做
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5楼2014-08-05 14:32:35
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zoeye at 2014-08-05 14:32:35
16S+形态 不是需要把每个样本都培养 找单一菌落吗
我们前期测序结果显示的是样本中都应该有的 但我培养的时候不知道是不是没混匀还是别的什么原因 不是都能长 所以我就想用PCR的方法做...

文献查找特定种的种特异性引物。

也可以根据特异性片段，自己设计引物（通过序列比对找到特异序列，设计引物，还要验证引物的特异性、灵敏度等等）。工作较复杂。
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做一个阳光、开朗的小和尚
6楼2014-08-05 18:45:50
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499649610

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
16S 应该很能区分到亚种水平，甚至很多微生物种水平都难，而且很多微生物都发现不只存在一个16s rRNA,如果微生物不可培养，又图省事的话，做MLSA吧
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7楼2014-08-06 11:57:58
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zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 499649610 at 2014-08-06 11:57:58
16S 应该很能区分到亚种水平，甚至很多微生物种水平都难，而且很多微生物都发现不只存在一个16s rRNA,如果微生物不可培养，又图省事的话，做MLSA吧

感谢您的回复

做MLSA的前提是不是必须分离出单一菌落再进行PCR鉴定？
我现在是已知自己关注的菌是什么
要在混合样本里面找出我关注的菌 也可以做MLSA吗？
MLSA是结合多个保守基因进行PCR对吧
既然是保守基因 那混合样本里的每个菌不都能P出来吗？
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8楼2014-08-06 16:39:47
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zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 499649610 at 2014-08-07 09:00:08
看家基因，指的是种属中特意的看家基因，其往往存在种属的保守区，和部分变异区，利用你关注的菌株的看家基因可以进行PCR，别的属的菌株是无法扩增出来的（常用的如染色体复制起始因子基因、热激蛋白基因、重组修复 ...

那请问前辈
我是要找到这个四个微生物的特异看家基因 然后再NCBI里面进行BLAST
看看其在数据库里面的特异性吗？
特异的看家基因要如何找呢？

我现在的问题就是单独分离耗时耗力 并且培养的局限性不一定能培养出来
我前期做了测序的结果是每个样本里面都有
但是我自己培养的时候却是有的可以培养出来有的培养不出来

所以我想找个分子手段 提取总的DNA进行检测

要如何根据管家基因进行检测呢
我一直把管家基因理解为内参 如beta-actin
请指教
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10楼2014-08-07 10:07:17
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