应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 知道亚种如何找现成的16S rRNA鉴定引物？
131/2返回列表12下一页
查看: 1987  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zoeye

金虫 (小有名气)

[求助] 知道亚种如何找现成的16S rRNA鉴定引物？ 已有2人参与

各位前辈
我想用PCR的方法鉴定某一特定的微生物亚型
有什么数据库能找到现成的引物吗？

或者通用引物要怎么找？
是不同的可变区引物不同？
如果我之前用V4-V5可变区的通用引物 并不能区分这几个微生物
换可变区的引物有用吗？

谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-04 15:38:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

499649610

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zoeye: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-08-07 10:04:13
引用回帖:
8楼: Originally posted by zoeye at 2014-08-06 16:39:47
感谢您的回复

做MLSA的前提是不是必须分离出单一菌落再进行PCR鉴定？
我现在是已知自己关注的菌是什么
要在混合样本里面找出我关注的菌 也可以做MLSA吗？
MLSA是结合多个保守基因进行PCR对吧
既然是保守基因 ...

看家基因，指的是种属中特意的看家基因，其往往存在种属的保守区，和部分变异区，利用你关注的菌株的看家基因可以进行PCR，别的属的菌株是无法扩增出来的（常用的如染色体复制起始因子基因、热激蛋白基因、重组修复蛋白基因等），然后再根据进化分析定种。如果你的样本中存在多个该属的菌株，可能要单独分离才行。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2014-08-07 09:00:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
刚回答了你一个问题。。。

现成引物啊，最好找paper，数据库记得有个Q-bank（欧洲的）。

16s序列全长的或者可变区的通用引物显然极难区分不同细菌的，毕竟是通用的。
有差异才能区分。
赞一下 回复此楼
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-08-05 08:45:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-08-05 08:45:03
刚回答了你一个问题。。。

现成引物啊，最好找paper，数据库记得有个Q-bank（欧洲的）。

16s序列全长的或者可变区的通用引物显然极难区分不同细菌的，毕竟是通用的。
有差异才能区分。

我刚搜了 Q-bank貌似是做植物的
我的菌都是人口腔中的
并且我想知道 我发现的微生物也许不是新的 但是之前都没有人在口腔里报道过 这个能不能算一个新发现呢
并且 我怎么判断这个菌到底是有益还是有害的呢
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-05 09:07:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zoeye at 2014-08-05 09:07:28
我刚搜了 Q-bank貌似是做植物的
我的菌都是人口腔中的
并且我想知道 我发现的微生物也许不是新的 但是之前都没有人在口腔里报道过 这个能不能算一个新发现呢
并且 我怎么判断这个菌到底是有益还是有害的呢...

你是要做微生物鉴定？

可以16S序列+形态、生理生化指标+其它证据（很多类型，但必不可少）。如果是新种，一般要做DNA-DNA杂交（有人只做了MLSA）；当然全基因组测序也可以啊。

记得美国有个微生物组计划，通过高通量测序检测人体各个部位的微生物构成，文章发了一大批了。你确定没有人报道过？

至于有益有害，你们做药理的更清楚怎么做啊。
赞一下 回复此楼
做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-08-05 09:55:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-08-05 09:55:11
你是要做微生物鉴定？

可以16S序列+形态、生理生化指标+其它证据（很多类型，但必不可少）。如果是新种，一般要做DNA-DNA杂交（有人只做了MLSA）；当然全基因组测序也可以啊。

记得美国有个微生物组计划，通 ...

16S+形态 不是需要把每个样本都培养 找单一菌落吗
我们前期测序结果显示的是样本中都应该有的 但我培养的时候不知道是不是没混匀还是别的什么原因 不是都能长 所以我就想用PCR的方法做
赞一下 回复此楼
5楼2014-08-05 14:32:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zoeye at 2014-08-05 14:32:35
16S+形态 不是需要把每个样本都培养 找单一菌落吗
我们前期测序结果显示的是样本中都应该有的 但我培养的时候不知道是不是没混匀还是别的什么原因 不是都能长 所以我就想用PCR的方法做...

文献查找特定种的种特异性引物。

也可以根据特异性片段，自己设计引物（通过序列比对找到特异序列，设计引物，还要验证引物的特异性、灵敏度等等）。工作较复杂。
赞一下 回复此楼
做一个阳光、开朗的小和尚
6楼2014-08-05 18:45:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

499649610

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
16S 应该很能区分到亚种水平，甚至很多微生物种水平都难，而且很多微生物都发现不只存在一个16s rRNA,如果微生物不可培养，又图省事的话，做MLSA吧
赞一下 回复此楼
7楼2014-08-06 11:57:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 499649610 at 2014-08-06 11:57:58
16S 应该很能区分到亚种水平，甚至很多微生物种水平都难，而且很多微生物都发现不只存在一个16s rRNA,如果微生物不可培养，又图省事的话，做MLSA吧

感谢您的回复

做MLSA的前提是不是必须分离出单一菌落再进行PCR鉴定？
我现在是已知自己关注的菌是什么
要在混合样本里面找出我关注的菌 也可以做MLSA吗？
MLSA是结合多个保守基因进行PCR对吧
既然是保守基因 那混合样本里的每个菌不都能P出来吗？
赞一下 回复此楼
8楼2014-08-06 16:39:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 499649610 at 2014-08-07 09:00:08
看家基因，指的是种属中特意的看家基因，其往往存在种属的保守区，和部分变异区，利用你关注的菌株的看家基因可以进行PCR，别的属的菌株是无法扩增出来的（常用的如染色体复制起始因子基因、热激蛋白基因、重组修复 ...

那请问前辈
我是要找到这个四个微生物的特异看家基因 然后再NCBI里面进行BLAST
看看其在数据库里面的特异性吗？
特异的看家基因要如何找呢？

我现在的问题就是单独分离耗时耗力 并且培养的局限性不一定能培养出来
我前期做了测序的结果是每个样本里面都有
但是我自己培养的时候却是有的可以培养出来有的培养不出来

所以我想找个分子手段 提取总的DNA进行检测

要如何根据管家基因进行检测呢
我一直把管家基因理解为内参 如beta-actin
请指教
赞一下 回复此楼
10楼2014-08-07 10:07:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zoeye 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +34 医学老男孩 2026-08-13 81/4050 2026-08-17 16:20 by yudaoqian88
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 6GojgJvkDudM 2026-08-16 7/350 2026-08-17 16:14 by CBFiACZS7HAK
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +4 angus9576 2026-08-17 7/350 2026-08-17 16:11 by Vivilian
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 EWi2p09MOOv8 2026-08-16 6/300 2026-08-17 14:02 by EYK67XJMj64E
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 13:49 by EYK67XJMj64E
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 11:46 by 4GBAYCdVQoK3
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭