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dayanxiang木虫 (正式写手)
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细菌亲缘关系疑问
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| 请问同一种不同菌株的16S rDNA 序列有没有可能相似性只有87%？通常情况下没有，有没有特例，比如某些功能类群，非常感谢！ |
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2楼2013-03-20 08:04:31
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一般情况下，同一种，不同菌株之间的差异绝对 不会超过4%！ 因为按照国际上的菌种分类学来讲，当两个菌株的16S rDNA的blast差异性超过了4%的时候，我们就可以进行生理生化测定，判定该菌株是否是新的小种。如果超过了8%的时候，基本上就可以判定两个菌株不是同一个小种。如果超过了10%，我们就会认为是其他小种，两个菌株之间的差异性横竖不可能超过4%。这个基本上是一个默认的规矩。 |
3楼2013-03-20 08:31:10
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8楼2013-03-21 11:01:37
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变异的可能性不大。变异必须在具备变异的条件下才会发生。打个比方：当菌体暴露在紫外线下面的时候，AT碱基发生水合反应，生成水合胸腺嘧啶。CG碱基发生点突变，生成C=C或者G=G的形式的错配。如果没有诸如紫外线、γ射线、其他类型的辐射源存在，同时没有使用氯化铯、亚硝酸盐环境的右边，或者其他非常剧烈的恶劣环境的诱导，一般菌体，尤其是细菌，在冰箱的冷藏环境下，是很难发生突变反应的。 故此，我认为有两点可能： 1：你送去测序的序列。如果是你自己PCR反应后，获取的16S rDNA序列，那么，你在设计引物的时候，是直接选取了国际上 已经公布的引物序列，还是自己设计的？如果是自己设计的，那么，你的设计可能并不是严格按照保守区域设计的。如果是用的国际上公布的简并引物，那么，有可能是在测序的时候做了一个反应，造成反应不完全，你可以再次测序，这次你要求测序公司给你测通。 2：如果上述的一切步骤都没有存在疑问。那么，唯一的可能就是菌体除了问题。要么，你买菌种的地方低温冷冻干燥过程中没有试驾合理的保护剂，造成具体DNA片段丢失。要么就是，那么邮寄的时候搞错了。因为对方的菌体库往往是同一菌种、相似菌种放在同一个库里面，你问问对方给你邮寄的时候有没有搞错。 3：如果以上都没有问题，那么，就是菌体真的发生了污染现象，这种污染有可能是菌体融合或者吞噬的过程。这个可能微乎其微！除非你运气好到爆棚，这样的情况足够发一篇6以上的微生物文章了。这就是一个全新菌种了！ 你检查过以上内容之后，告诉我一声原因是什么。  |
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dayanxiang9楼2013-03-21 13:38:52
dayanxiang
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