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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌亲缘关系疑问
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dayanxiang

木虫 (正式写手)

[求助] 细菌亲缘关系疑问

请问同一种不同菌株的16S rDNA 序列有没有可能相似性只有87%？通常情况下没有，有没有特例，比如某些功能类群，非常感谢！
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你的态度决定你的高度
1楼2013-03-19 14:38:36
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liujianmin68

木虫 (职业作家)

努力发展交叉学科
这个问题挺好，期待行家解答。
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转向地质微生物学
2楼2013-03-20 08:04:31
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangxingc: 金币+5, 很好的应助 2013-03-20 09:20:18
dayanxiang: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-20 22:47:56
一般情况下，同一种，不同菌株之间的差异绝对 不会超过4%！
因为按照国际上的菌种分类学来讲，当两个菌株的16S rDNA的blast差异性超过了4%的时候，我们就可以进行生理生化测定，判定该菌株是否是新的小种。如果超过了8%的时候，基本上就可以判定两个菌株不是同一个小种。如果超过了10%，我们就会认为是其他小种，两个菌株之间的差异性横竖不可能超过4%。这个基本上是一个默认的规矩。
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3楼2013-03-20 08:31:10
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lmhzy1987

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dayanxiang: 金币+5, ★有帮助, 谢谢！ 2013-03-20 22:56:16
取决于你对于微生物种的定义，如果以16S为准的话一般同种不同株差异是很小的，但是如果你以功能类群，假设都是降解A的菌株，那就可能16S相差很大，简单说16S和你的功能类群二者没有直接联系，16S涉及的是一个系统发育关系。
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头疼的文库
4楼2013-03-20 21:20:58
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dayanxiang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by molecula at 2013-03-20 08:31:10
一般情况下，同一种，不同菌株之间的差异绝对 不会超过4%！
因为按照国际上的菌种分类学来讲，当两个菌株的16S rDNA的blast差异性超过了4%的时候，我们就可以进行生理生化测定，判定该菌株是否是新的小种。如果超过 ...

非常感谢！看您是专业人士，我再进一步问一下，如果我买来的菌培养之后克隆测序比对，相似性不到90%，是什么原因呢，变异？污染？请帮忙分析一下可能的原因，谢谢！
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5楼2013-03-20 22:54:57
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dayanxiang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lmhzy1987 at 2013-03-20 21:20:58
取决于你对于微生物种的定义，如果以16S为准的话一般同种不同株差异是很小的，但是如果你以功能类群，假设都是降解A的菌株，那就可能16S相差很大，简单说16S和你的功能类群二者没有直接联系，16S涉及的是一个系统发 ...

非常感谢您的回复，我所说的种是分类学上的，不同菌株比如Acetobacterium woodii ATCC 29683 和Acetobacterium woodii DSM 1030
我现在是从ATCC买回来一株纯菌，培养之后克隆测序NCBI比对，相似性不到90%，是什么原因，变异或污染？您提供以下可能的原因和解释吗？
谢谢！
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6楼2013-03-20 23:06:30
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tianhome

木虫 (知名作家)
16s是用于定属的，但相差这么多，如果没测错的话肯定不属于同一个属，更不要说同一个种了。原因有可能是菌名错了，或者污染了。国外的菌保中心有时也不那么靠谱。
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虫洞
7楼2013-03-21 05:56:07
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lmhzy1987

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dayanxiang at 2013-03-20 23:06:30
非常感谢您的回复，我所说的种是分类学上的，不同菌株比如Acetobacterium woodii ATCC 29683 和Acetobacterium woodii DSM 1030
我现在是从ATCC买回来一株纯菌，培养之后克隆测序NCBI比对，相似性不到90%，是什么 ...

我能告诉你的是，菌保中心出错也是见过的，相似性不到90%的话，你可以给他们写信反馈下。然后从第三家再要一株吧，这个事确实比较倒霉
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头疼的文库
8楼2013-03-21 11:01:37
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dayanxiang at 2013-03-20 22:54:57
非常感谢！看您是专业人士，我再进一步问一下，如果我买来的菌培养之后克隆测序比对，相似性不到90%，是什么原因呢，变异？污染？请帮忙分析一下可能的原因，谢谢！...

变异的可能性不大。变异必须在具备变异的条件下才会发生。打个比方：当菌体暴露在紫外线下面的时候，AT碱基发生水合反应，生成水合胸腺嘧啶。CG碱基发生点突变，生成C=C或者G=G的形式的错配。如果没有诸如紫外线、γ射线、其他类型的辐射源存在，同时没有使用氯化铯、亚硝酸盐环境的右边，或者其他非常剧烈的恶劣环境的诱导，一般菌体，尤其是细菌，在冰箱的冷藏环境下，是很难发生突变反应的。

故此，我认为有两点可能：
1：你送去测序的序列。如果是你自己PCR反应后，获取的16S rDNA序列，那么，你在设计引物的时候，是直接选取了国际上 已经公布的引物序列，还是自己设计的？如果是自己设计的，那么，你的设计可能并不是严格按照保守区域设计的。如果是用的国际上公布的简并引物，那么，有可能是在测序的时候做了一个反应，造成反应不完全，你可以再次测序，这次你要求测序公司给你测通。
2：如果上述的一切步骤都没有存在疑问。那么，唯一的可能就是菌体除了问题。要么，你买菌种的地方低温冷冻干燥过程中没有试驾合理的保护剂，造成具体DNA片段丢失。要么就是，那么邮寄的时候搞错了。因为对方的菌体库往往是同一菌种、相似菌种放在同一个库里面，你问问对方给你邮寄的时候有没有搞错。
3：如果以上都没有问题，那么，就是菌体真的发生了污染现象，这种污染有可能是菌体融合或者吞噬的过程。这个可能微乎其微！除非你运气好到爆棚，这样的情况足够发一篇6以上的微生物文章了。这就是一个全新菌种了！

你检查过以上内容之后，告诉我一声原因是什么。
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dayanxiang
9楼2013-03-21 13:38:52
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dayanxiang

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
9楼: Originally posted by molecula at 2013-03-21 13:38:52
变异的可能性不大。变异必须在具备变异的条件下才会发生。打个比方：当菌体暴露在紫外线下面的时候，AT碱基发生水合反应，生成水合胸腺嘧啶。CG碱基发生点突变，生成C=C或者G=G的形式的错配。如果没有诸如紫外线、 ...

非常感谢，有进展我会及时反馈

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10楼2013-03-22 00:20:44
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