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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌亲缘关系疑问
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dayanxiang

木虫 (正式写手)

[求助] 细菌亲缘关系疑问

请问同一种不同菌株的16S rDNA 序列有没有可能相似性只有87%？通常情况下没有，有没有特例，比如某些功能类群，非常感谢！
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你的态度决定你的高度
1楼 2013-03-19 14:38:36
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangxingc: 金币+5, 很好的应助 2013-03-20 09:20:18
dayanxiang: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-20 22:47:56
一般情况下，同一种，不同菌株之间的差异绝对 不会超过4%！
因为按照国际上的菌种分类学来讲，当两个菌株的16S rDNA的blast差异性超过了4%的时候，我们就可以进行生理生化测定，判定该菌株是否是新的小种。如果超过了8%的时候，基本上就可以判定两个菌株不是同一个小种。如果超过了10%，我们就会认为是其他小种，两个菌株之间的差异性横竖不可能超过4%。这个基本上是一个默认的规矩。
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3楼2013-03-20 08:31:10
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liujianmin68

木虫 (职业作家)

努力发展交叉学科
这个问题挺好，期待行家解答。
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转向地质微生物学
2楼2013-03-20 08:04:31
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lmhzy1987

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dayanxiang: 金币+5, ★有帮助, 谢谢！ 2013-03-20 22:56:16
取决于你对于微生物种的定义，如果以16S为准的话一般同种不同株差异是很小的，但是如果你以功能类群，假设都是降解A的菌株，那就可能16S相差很大，简单说16S和你的功能类群二者没有直接联系，16S涉及的是一个系统发育关系。
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头疼的文库
4楼2013-03-20 21:20:58
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dayanxiang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by molecula at 2013-03-20 08:31:10
一般情况下，同一种，不同菌株之间的差异绝对 不会超过4%！
因为按照国际上的菌种分类学来讲，当两个菌株的16S rDNA的blast差异性超过了4%的时候，我们就可以进行生理生化测定，判定该菌株是否是新的小种。如果超过 ...

非常感谢！看您是专业人士，我再进一步问一下，如果我买来的菌培养之后克隆测序比对，相似性不到90%，是什么原因呢，变异？污染？请帮忙分析一下可能的原因，谢谢！
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你的态度决定你的高度
5楼2013-03-20 22:54:57
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