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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌亲缘关系疑问
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dayanxiang

木虫 (正式写手)

[求助] 细菌亲缘关系疑问

请问同一种不同菌株的16S rDNA 序列有没有可能相似性只有87%？通常情况下没有，有没有特例，比如某些功能类群，非常感谢！
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1楼 2013-03-19 14:38:36
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dayanxiang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by molecula at 2013-03-20 08:31:10
一般情况下，同一种，不同菌株之间的差异绝对 不会超过4%！
因为按照国际上的菌种分类学来讲，当两个菌株的16S rDNA的blast差异性超过了4%的时候，我们就可以进行生理生化测定，判定该菌株是否是新的小种。如果超过 ...

非常感谢！看您是专业人士，我再进一步问一下，如果我买来的菌培养之后克隆测序比对，相似性不到90%，是什么原因呢，变异？污染？请帮忙分析一下可能的原因，谢谢！
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5楼2013-03-20 22:54:57
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dayanxiang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lmhzy1987 at 2013-03-20 21:20:58
取决于你对于微生物种的定义，如果以16S为准的话一般同种不同株差异是很小的，但是如果你以功能类群，假设都是降解A的菌株，那就可能16S相差很大，简单说16S和你的功能类群二者没有直接联系，16S涉及的是一个系统发 ...

非常感谢您的回复，我所说的种是分类学上的，不同菌株比如Acetobacterium woodii ATCC 29683 和Acetobacterium woodii DSM 1030
我现在是从ATCC买回来一株纯菌，培养之后克隆测序NCBI比对，相似性不到90%，是什么原因，变异或污染？您提供以下可能的原因和解释吗？
谢谢！
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6楼2013-03-20 23:06:30
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dayanxiang

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
9楼: Originally posted by molecula at 2013-03-21 13:38:52
变异的可能性不大。变异必须在具备变异的条件下才会发生。打个比方：当菌体暴露在紫外线下面的时候，AT碱基发生水合反应，生成水合胸腺嘧啶。CG碱基发生点突变，生成C=C或者G=G的形式的错配。如果没有诸如紫外线、 ...

非常感谢，有进展我会及时反馈

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2013-03-22 00:20:44
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