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godloveplum

金虫 (小有名气)

[求助] 荧光定量PCR扩增效率很低 已有11人参与

荧光定量PCR,什么参数都合格就是扩增效率很低,换了好多条件都很低,请问是怎么回事呀?引物我都加的1ul,cDNA加了1ul或者2ul,都试过,另外三步法也都试过,扩增效率都上不去,做了好多次都是,都快崩溃了。还有就是我的引物长度大概200多bp,有的接近300,一般都超过250了,这影响大吗?可是我都用三步法延伸了呀?求各位高手赐教呀!
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Nothingisimpossibleforawillingheart!
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bbqlhb

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-12-15 18:09:37
排除法呗。
是不是cDNA问题,有没抑制物?
从哪里看出扩增效率上不去,以前做过吗?
用的sybr还是探针?
2楼2014-12-15 16:29:26
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godloveplum

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by bbqlhb at 2014-12-15 16:29:26
排除法呗。
是不是cDNA问题,有没抑制物?
从哪里看出扩增效率上不去,以前做过吗?
用的sybr还是探针?

用的是sybr,从一开始做,就做的标曲,一直都是扩增效率很低,不知道是不是cDNA的问题,怎样检查是不是cDNA的问题呀?
Nothingisimpossibleforawillingheart!
3楼2014-12-15 16:49:27
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bbqlhb

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by godloveplum at 2014-12-15 16:49:27
用的是sybr,从一开始做,就做的标曲,一直都是扩增效率很低,不知道是不是cDNA的问题,怎样检查是不是cDNA的问题呀?...

测A260/A280,有没做溶解曲线,看看有没双峰出现,就是看有没非特异扩增
4楼2014-12-15 17:01:28
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Beryl_xu

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-12-15 18:09:52
从提问来看,没办法一下判断哪儿的问题。需要自己一步步尝试。
总的来说,做qPCR实验,条件比较重要。扩增效率低,可能的原因是引物设计不当,或者反应条件不够优化。可以从这两点入手,引物设计问题,需要做溶解曲线,看看有无非特异性,如果扩增效率在90%以下,建议重新设计引物。还有你的模板是高浓度模板还是啥,存不存在抑制剂在里面。
5楼2014-12-15 17:22:43
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cosign

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议换一对引物重新做
6楼2014-12-15 20:43:19
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godloveplum

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by bbqlhb at 2014-12-15 17:01:28
测A260/A280,有没做溶解曲线,看看有没双峰出现,就是看有没非特异扩增...

做了溶解曲线,溶解曲线没有双峰,其它参数也都合格,标曲上重复的点也都叠成了一个点,线性相关性也都不错,就是扩增效率上不去
Nothingisimpossibleforawillingheart!
7楼2014-12-16 09:19:40
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godloveplum

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Beryl_xu at 2014-12-15 17:22:43
从提问来看,没办法一下判断哪儿的问题。需要自己一步步尝试。
总的来说,做qPCR实验,条件比较重要。扩增效率低,可能的原因是引物设计不当,或者反应条件不够优化。可以从这两点入手,引物设计问题,需要做溶解曲 ...

我的模板的第一个浓度大概在45ng/ul左右,然后5倍梯度稀释,2倍梯度稀释都做过,cDNA加的是2ul。
Nothingisimpossibleforawillingheart!
8楼2014-12-16 09:22:05
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vege的桌子

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
荧光定量产物还是控制在100-150bp之间吧
9楼2014-12-16 09:55:19
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xiao200x

新虫 (初入文坛)

扩增效率是由引物特性决定的,建议多换几对引物试试。祝实验顺利!
10楼2014-12-17 09:27:46
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