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kakabada123

新虫 (初入文坛)

[交流] 上下游引物的设计问题 已有3人参与

上下游引物的设计,
最早在NCBI--gene--输入(实验动物)空格(基因)方法,未搜出
通过文献找,找到一篇,问题一:我在copy时,下游引物抄错了,发给公司合成,会出现什么后果?
问题二:后来,我多看了一些文献,又发现一篇文献,但是同样动物,同样基因,不同序列。。是怎么回事呢?
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289363400

铁杆木虫 (知名作家)

凌乱前进方向

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-11-17 10:38:05
建议你补充一下引物设计的基本知识。问题一的解答:这要看你错的多少了,比如说你引物上有酶切位点,你恰好又COPY错了,那么接下来有关酶切的实验步骤你是做不下去的;而如果错误的区域是在引物当中涉及CDS的区域,那么一旦影响到编码的蛋白或者终止密码子,引物肯定就不能用了的。问题二的解答:引物的设计常常以覆盖基因的CDS区域为基本要求,还跟你将来要插入的质粒有关。所以引物不是一定的,还可以在不影响引发效率和将来蛋白表达的情况下做一定碱基的修饰替换。我这样说肯定说不清,还是建议楼主补充一下相关方面的知识,网上关于引物设计的内容很多的。
2楼2014-11-17 09:47:29
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guoliwang

至尊木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
错多少呗,几个碱基的话,产物会被引入突变,错的多,PCR失败。如果错误引物与其它位置序列相同或相似,可扩出非预期长度的片段。
你可以把引物序列输入blast,在有相似序列的基因里找找看,序列不同可以因为isoform、多态性等原因。
慎思明辨博学笃行
3楼2014-11-17 21:24:03
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forever909

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
那个碱基序列有很多的,只是说每个人选择是不同的,有的人侧重匹配率,有的人侧重有无交叉序列,都是要综合考虑的
快乐是最重要的。。。。。。
4楼2014-11-18 11:35:50
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