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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 查找某个基因的转录因子
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koala596

金虫 (小有名气)

[求助] 查找某个基因的转录因子 已有3人参与

最近准备要做这方面的东西，但是之前一直没接触过，所以希望各位大神能够帮帮忙，感激不尽！

在哪里可以搜索到某个基因的上游转录因子？

我想查找某个基因（如glut2）的表达受哪些转录因子调控？另外，我还想查找这个基因（glut2）下游调控哪些因子或信号蛋白？
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researchinterest：telomere；shelterin；DC disease ; anti-aging
1楼 2014-10-11 10:25:54
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

履霜

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

一个TF基因作为转录因子，它下游binding motif是什么；在这个TF基因的启动子或者上游的非编码调控区域有哪些其他因子的binding motif。
1. 有很多在线的网站可以预测，例如MEME suite，自己去读manual
2. 也有很多R的package能够解决这个问题，rGADAM，motif，直接出图。
祝好~
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I measured love by the extent of my jealousy...
12楼2016-09-22 01:28:01
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普通回帖

cxjzly2008
★
koala596(金币+1): 谢谢参与
2楼2014-10-11 10:27:12
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dmbb
3楼2014-10-11 10:28:55
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shenrenren
4楼2014-10-11 10:57:02
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Neo2000

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 鼓励交流 2014-10-11 11:20:59
预测的仅供参考，一般会与实际情况偏差很大，实验证明的才算数

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2014-10-11 10:58:23
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koala596

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Neo2000 at 2014-10-11 10:58:23
预测的仅供参考，一般会与实际情况偏差很大，实验证明的才算数

但不是先通过预测，锁定几个转录因子，在通过实验证明吗？
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researchinterest：telomere；shelterin；DC disease ; anti-aging
6楼2014-10-11 13:05:49
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随风飘摇11

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我的情况和你正好相反，我是要找转录因子下游调控的基因。昨天听报告时，那个教授说的，要么借助生物信息学分析，要么做表达谱分析。具体我也不懂。感觉你这个也很难的，多和老师去交流吧
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天道酬勤
7楼2014-10-11 13:19:59
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koala596

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 随风飘摇11 at 2014-10-11 13:19:59
我的情况和你正好相反，我是要找转录因子下游调控的基因。昨天听报告时，那个教授说的，要么借助生物信息学分析，要么做表达谱分析。具体我也不懂。感觉你这个也很难的，多和老师去交流吧

老板就是要我自己先去用生物信息学预测几个转录因子出来....
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researchinterest：telomere；shelterin；DC disease ; anti-aging
8楼2014-10-11 14:59:05
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凋亡小菜鸟

新虫 (初入文坛)
你好，最近我也在做相同的工作，相同的困惑？楼主有好的解决方法了么？
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9楼2015-08-20 00:21:01
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z1211818

银虫 (正式写手)
xn8008: 欢迎发帖交流 2016-09-22 07:54:39
@koala596、@随风飘摇11
不知道两位前辈最后的结果如何？我现在也要尝试通过一个转录因子来寻找其对应的靶基因，不知道如何下手，还请两位前辈多多指教下，如果你们已经有好的方法的话。thx！
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10楼2016-09-20 22:12:01
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