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koala596

金虫 (小有名气)

[求助] 查找某个基因的转录因子 已有3人参与

最近准备要做这方面的东西,但是之前一直没接触过,所以希望各位大神能够帮帮忙,感激不尽!

在哪里可以搜索到某个基因的上游转录因子?

我想查找某个基因(如glut2)的表达受哪些转录因子调控?另外,我还想查找这个基因(glut2)下游调控哪些因子或信号蛋白?
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履霜

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

一个TF基因作为转录因子,它下游binding motif是什么;在这个TF基因的启动子或者上游的非编码调控区域有哪些其他因子的binding motif。
1. 有很多在线的网站可以预测,例如MEME suite,自己去读manual
2. 也有很多R的package能够解决这个问题,rGADAM,motif,直接出图。
祝好~
I measured love by the extent of my jealousy...
12楼2016-09-22 01:28:01
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普通回帖

koala596(金币+1): 谢谢参与
2楼2014-10-11 10:27:12
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3楼2014-10-11 10:28:55
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4楼2014-10-11 10:57:02
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Neo2000

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
kx444555: 鼓励交流 2014-10-11 11:20:59
预测的仅供参考,一般会与实际情况偏差很大,实验证明的才算数

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-10-11 10:58:23
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koala596

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Neo2000 at 2014-10-11 10:58:23
预测的仅供参考,一般会与实际情况偏差很大,实验证明的才算数

但不是先通过预测,锁定几个转录因子,在通过实验证明吗?
researchinterest:telomere;shelterin;DC disease ; anti-aging
6楼2014-10-11 13:05:49
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随风飘摇11

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我的情况和你正好相反,我是要找转录因子下游调控的基因。昨天听报告时,那个教授说的,要么借助生物信息学分析,要么做表达谱分析。具体我也不懂。感觉你这个也很难的,多和老师去交流吧
天道酬勤
7楼2014-10-11 13:19:59
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koala596

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 随风飘摇11 at 2014-10-11 13:19:59
我的情况和你正好相反,我是要找转录因子下游调控的基因。昨天听报告时,那个教授说的,要么借助生物信息学分析,要么做表达谱分析。具体我也不懂。感觉你这个也很难的,多和老师去交流吧

老板就是要我自己先去用生物信息学预测几个转录因子出来....
researchinterest:telomere;shelterin;DC disease ; anti-aging
8楼2014-10-11 14:59:05
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凋亡小菜鸟

新虫 (初入文坛)

你好,最近我也在做相同的工作,相同的困惑?楼主有好的解决方法了么?
9楼2015-08-20 00:21:01
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z1211818

银虫 (正式写手)

xn8008: 欢迎发帖交流 2016-09-22 07:54:39
@koala596、@随风飘摇11
不知道两位前辈最后的结果如何?我现在也要尝试通过一个转录因子来寻找其对应的靶基因,不知道如何下手,还请两位前辈多多指教下,如果你们已经有好的方法的话。thx!
10楼2016-09-20 22:12:01
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