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wenzi6337

木虫 (著名写手)

[求助] 求助SMART RACE ,5‘-RACE问题 已有4人参与

如题,我在做SMART RACE时首先用随机引物和通用引物合成cDNA,然后以cDNA为模板用Short2引物和CDS特异性引物扩增,切胶回收500-700bp条带,连pMD-18T载体测序,问题是,测序结果显示有片段连入,但不是我要找的CDS序列,请教各位大侠,是什么地方出了问题?为什么CDS引物扩出无关条带?是引物特异性差吗?请了解SMART RACE的大侠指点一二,不胜感激!
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wenzi6337: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢啊! 2014-07-09 14:01:18
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流经验! 2014-07-09 16:07:35
为了保障你的RACE能够特异性,请设计多条引物,有种方法叫做 Asymetric PCR with nested primer。即,先用你的specific 引物1 单引物扩增10-50个cycle,然后再用新的specific 引物2 (引物2的位置应该在引物1的上游)和5‘ 末端引物进行正常PCR扩增。  祝好!
知行合一,致良知!
3楼2014-07-09 13:58:19
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wenzi6337(myprayer代发): 金币+1, 鼓励发帖积极交流。 2014-07-09 13:15:09
wenzi6337: 金币+5, 有帮助 2014-07-09 13:58:09
你说对了,你的引物特异性差
RACE这个东西不好做,慢慢练吧
2楼2014-07-09 11:30:48
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wenzi6337

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Fleaves at 2014-07-09 11:30:48
你说对了,你的引物特异性差
RACE这个东西不好做,慢慢练吧

引物设计需要哪些注意事项呢?引物长度多少个碱基比较合适,Tm值会影响很大吗?退火温度需要从70度开始吗?谢谢!
4楼2014-07-09 13:59:51
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wenzi6337: 金币+2, 有帮助 2014-07-10 00:09:47
你可能没完全理解smart,更没理解race,前面的双链都没做好,后面得引物设计也很关键,扩增目的片段需要采用合适的策略,你必须把每一样都做实了,才能OK

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-07-09 19:25:08
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