24小时热门版块排行榜    

查看: 2425  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

a356926674

金虫 (小有名气)

[求助] AUTODOCK将蛋白受体保存成pdbqt格式的问题 已有1人参与

我想请教一下,就是我蛋白数据库中下载了3MQ1蛋白,这里面有两个残基,然后我按照autodock一步步操作,但是在用Grid想将蛋白保存成pdbqt时就会出现initializing 3MQ1.pdb:-contains no non-bonded atoms, 然后就是保存不了pdbqt的格式。这是为什么?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Nothingisimpossible
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by therotyonth at 2014-08-22 10:01:18
你好!我现在在做一个含有锌的蛋白,锌离子在保存pdbqt的时候提示non-bonded non-charge,不知道这种情况如何处理?谢谢哈!...

如果金属离子不在活性中心,可以直接删除;如果在活性中心的话,可以添加ZN原子相关参数,然后对接
6楼2014-08-22 20:38:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
a356926674: 金币+20, ★★★很有帮助, 您好,非常感谢,但是能不能说下你的操作方法呢,挺麻烦的,但是希望能有吧,谢谢 2014-06-18 20:05:26
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-06-19 14:52:06
拿去吧!金币来,呵呵

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 3MQ1.pdbqt
  • 2014-06-18 18:07:24, 494.77 K
2楼2014-06-18 18:07:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a356926674

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-06-18 18:07:30
拿去吧!金币来,呵呵

有个问题,你是做成了pdbqt的格式。。。问题是我在cmd里用autodock vina 对接的时候为什么会说打不开这个文件呢
Nothingisimpossible
3楼2014-06-18 21:28:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by a356926674 at 2014-06-18 21:28:50
有个问题,你是做成了pdbqt的格式。。。问题是我在cmd里用autodock vina 对接的时候为什么会说打不开这个文件呢...

MGTOOLs能打开的呀!没什么问题呀
4楼2014-06-19 17:43:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
信息提示
请填处理意见