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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK将蛋白受体保存成pdbqt格式的问题
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a356926674

金虫 (小有名气)

[求助] AUTODOCK将蛋白受体保存成pdbqt格式的问题 已有1人参与

我想请教一下，就是我蛋白数据库中下载了3MQ1蛋白，这里面有两个残基，然后我按照autodock一步步操作，但是在用Grid想将蛋白保存成pdbqt时就会出现initializing 3MQ1.pdb:-contains no non-bonded atoms, 然后就是保存不了pdbqt的格式。这是为什么？
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Nothingisimpossible
1楼 2014-06-18 17:13:54
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
a356926674: 金币+20, ★★★很有帮助, 您好，非常感谢，但是能不能说下你的操作方法呢，挺麻烦的，但是希望能有吧，谢谢 2014-06-18 20:05:26
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-19 14:52:06
拿去吧！金币来，呵呵
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  • 附件 1 : 3MQ1.pdbqt
    • 2014-06-18 18:07:24, 494.77 K
2楼2014-06-18 18:07:30
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a356926674

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-06-18 18:07:30
拿去吧！金币来，呵呵

有个问题，你是做成了pdbqt的格式。。。问题是我在cmd里用autodock vina 对接的时候为什么会说打不开这个文件呢
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Nothingisimpossible
3楼2014-06-18 21:28:50
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by a356926674 at 2014-06-18 21:28:50
有个问题，你是做成了pdbqt的格式。。。问题是我在cmd里用autodock vina 对接的时候为什么会说打不开这个文件呢...

MGTOOLs能打开的呀！没什么问题呀
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4楼2014-06-19 17:43:06
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therotyonth

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-06-18 18:07:30
拿去吧！金币来，呵呵

你好！我现在在做一个含有锌的蛋白，锌离子在保存pdbqt的时候提示non-bonded non-charge，不知道这种情况如何处理？谢谢哈！
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5楼2014-08-22 10:01:18
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by therotyonth at 2014-08-22 10:01:18
你好！我现在在做一个含有锌的蛋白，锌离子在保存pdbqt的时候提示non-bonded non-charge，不知道这种情况如何处理？谢谢哈！...

如果金属离子不在活性中心，可以直接删除；如果在活性中心的话，可以添加ZN原子相关参数，然后对接
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6楼2014-08-22 20:38:48
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