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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 转录组测序的生物学重复问题
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liyongrui1

铁杆木虫 (著名写手)

木虫

[求助] 转录组测序的生物学重复问题 已有10人参与

现在进行转录组测序是否必须进行生物学重复啊，是否要3个重复。是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复？如果不重复能否发文章？主要是经费有限
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1楼 2014-06-17 18:59:22
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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liyongrui1(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-18 10:40:02
最近一直在琢磨这个问题。现在基本上测转录组数据都没有生物学重复，见了几个之前做芯片的客户，想做测序，问我测序技术为什么不需要生物学重复，我一时还真没回答上来。
实际来看，绝大多数发表的转录组文献都不做生物学重复，再有就是测序的成本还是挺高的，所以大家默认都不做生物学重复。

给你一个文献看看吧：
Sequencing technology does not eliminate biological variability. Kasper D Hansen, Zhijin Wu, Rafael A Irizarry & Jeffrey T Leek. Nat Biotechnol., 2011. 29(7): 572–573.
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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
2楼2014-06-18 10:36:47
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-07-15 18:51:36
我可以确定以及肯定的告诉你，那些说不要做重复的，都是在坑人。
如果你想用转录组发文章，是必须要重复的。这在前两年的plos one 中以及被明确要求了。
你说现在plos one这种国内争议这么大的文章，都被要求要有重复，其他要好点的杂志咋可能不要。

生物学重复是要做相关性分析的。
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12楼2014-07-15 14:05:52
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
肯定要重复，这种没多少脑力工作量和体力工作量的东西就靠烧钱来发文章。
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3楼2014-06-18 16:46:10
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普通回帖

JNVBNC

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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一定要做生物学重复！
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4楼2014-06-18 19:20:23
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liuzhenhai

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
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liyongrui1(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:11:50
生物重复和技术重复一个不能少，至少各四个。你看人家文献上就知道了，这个不能忽悠。

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5楼2014-06-18 19:58:11
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liuzhenhai

铁杆木虫 (正式写手)
测序，看错了。

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6楼2014-06-18 20:01:09
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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liyongrui1(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-27 16:42:32
我看到的一般都是一次测几个样品，其中包括对照和若干个平行实验。你说的重复应该是在不同时间点做几次相同的实验吧，我觉得在转录测序领域是没有必要，这门技术稳定性本来就不是很好，几次实验结果有差异很正常的。不过从测序结果中抽取关键基因做深入的验证还是很不错的。还有网上应该也有别人和你做了类似的测序或芯片吧，可以拿别人的结果来做个对比。
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7楼2014-06-19 10:19:35
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stevezhong

木虫 (职业作家)
貌视重复的较少，太烧钱
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8楼2014-06-19 11:09:23
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31569218

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-26 21:21:53
看了14年的转录组文章，重复的有，不重复的也有。。。。看自己选择了。。。。
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爱之深痛之切
9楼2014-06-21 00:20:11
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tangel521

禁虫 (小有名气)
★ ★
liyongrui1(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-06-27 16:42:45
本帖内容被屏蔽
10楼2014-06-26 19:04:58
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