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liyongrui1

铁杆木虫 (著名写手)

木虫

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[求助] 转录组测序的生物学重复问题已有10人参与

现在进行转录组测序是否必须进行生物学重复啊，是否要3个重复。是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复？如果不重复能否发文章？主要是经费有限

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1楼 2014-06-17 18:59:22

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liuzhenhai

铁杆木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

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liyongrui1(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:11:50

生物重复和技术重复一个不能少，至少各四个。你看人家文献上就知道了，这个不能忽悠。

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5楼2014-06-18 19:58:11

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飞约疯人院

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liyongrui1(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-18 10:40:02

最近一直在琢磨这个问题。现在基本上测转录组数据都没有生物学重复，见了几个之前做芯片的客户，想做测序，问我测序技术为什么不需要生物学重复，我一时还真没回答上来。
实际来看，绝大多数发表的转录组文献都不做生物学重复，再有就是测序的成本还是挺高的，所以大家默认都不做生物学重复。

给你一个文献看看吧：
Sequencing technology does not eliminate biological variability. Kasper D Hansen, Zhijin Wu, Rafael A Irizarry & Jeffrey T Leek. Nat Biotechnol., 2011. 29(7): 572–573.

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