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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？
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铜虫 (小有名气)

[求助] Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？已有4人参与

Autodock分子对接时，第一步，蛋白准备，蛋白里是否有配体？是否需要提前取出来？新手，求大神指导 啊？
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天道酬勤
1楼2014-05-27 17:23:15
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13581286695

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-05-27 19:28:02
直接把配体删除，然后对接你自己的配体！

（1）配体删除的时候，在蛋白处理过程中就可删除是吗？
（2）删除以后怎么找准确活性口袋呢
第一天研究这个，谢谢
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天道酬勤
3楼2014-05-27 20:18:04
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铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2014-05-28 09:22:06
1.在处理蛋白的时候就可以直接把配体删除
2.配体在蛋白中的位置，就是活性口袋...

打盒子的时候，对接位置离着蛋白有很远的距离？请问问题出在哪儿了呢？能否手动调整到活性位置，保存下来？谢谢
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天道酬勤
6楼2014-05-28 12:06:16
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铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-28 14:55:52
你在设定盒子的时候要调整好啊，只要调整好盒子的位置大小就好了，反正配体对接之后是在盒子里面的...

FATAL ERROR: autodock4: I'm sorry; I can't find or open "3ZXZ_N_ligand.maps.fld"这是哪儿处理的不对呢，谢谢呀。刚学Autodock。
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天道酬勤
8楼2014-05-28 15:48:21
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铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-28 16:31:40
你多做几次吧，有可能是哪里漏掉什么导致之前的文件错误，多做几次就好了，这有个教程，跟着做吧，还有运行autodock和autogrid的时候不要直接运行，在命令行手动输入，小木虫有类似的帖子，楼主可以看看...

按照你的方法，成功的跑起来了。可是我的结合能+41，Ki=unavailable。这是哪儿有问题呢？结合能应该-8到-11为好，文献上说。谢谢
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天道酬勤
10楼2014-05-29 09:23:27
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铜虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 侯木虫 at 2018-07-13 17:45:13
学长，蛋白跟配体离的好远，说明什么？不结合？怎么调整呢？
...

配体不就是结合在蛋白内吗？
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天道酬勤
13楼2018-07-15 16:24:51
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