| 查看: 3883 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
13581286695铜虫 (小有名气)
|
[求助]
Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？ 已有4人参与
|
|
| Autodock分子对接时，第一步，蛋白准备，蛋白里是否有配体？是否需要提前取出来？新手，求大神指导 啊？ |
回复此楼» 猜你喜欢
招08考数学
已经有11人回复
-
291求调剂
已经有4人回复
-
276求调剂
已经有4人回复
-
一志愿070300浙大化学358分，求调剂！
已经有4人回复
-
一志愿中南大学化学学硕0703总分337求调剂
已经有4人回复
-
一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂
已经有5人回复
-
323求调剂
已经有6人回复
-
352求调剂
已经有3人回复
-
一志愿东华大学化学070300，求调剂
已经有8人回复
-
277材料科学与工程080500求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 在autodock软件中如何将配体和受体拆分开
已经有9人回复
- 在薛定谔软件中如何通过改变蛋白质或配体的参数使药物中的巯基和蛋白质中的锌粒子成键
已经有7人回复
- 求助如何将蛋白和游离荧光配体分离
已经有11人回复
- 小分子很少怎么做虚拟筛选啊！！
已经有7人回复
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- 如何多配体对接多蛋白？
已经有7人回复
- 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件
已经有8人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？
已经有8人回复
- 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？
已经有13人回复
- 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗
已经有9人回复
- 急问，怎么得到蛋白复合物中的蛋白和配体的结合界面
已经有8人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- 使用autodock4.2处理分子对接问题，在run autogrid时总是出错，请各位高人指点啊？？
已经有10人回复
- sybyl完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？
已经有12人回复
- 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距
已经有8人回复
- 【求助】Autodock的配体处理求助？
已经有3人回复
- 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
已经有42人回复
13581286695
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 76.5
- 散金: 6
- 帖子: 287
- 在线: 135.9小时
- 虫号: 1489802
- 注册: 2011-11-13
- 性别: GG
- 专业: 应用有机化学
送红花一朵 
10楼2014-05-29 09:23:27
2楼2014-05-27 19:28:02
13581286695
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 76.5
- 散金: 6
- 帖子: 287
- 在线: 135.9小时
- 虫号: 1489802
- 注册: 2011-11-13
- 性别: GG
- 专业: 应用有机化学
3楼2014-05-27 20:18:04
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:09:51
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:09:51
| 有的蛋白质晶体结构是有小分子配体的，有的是没有的。对于已知的蛋白的活性位点寻找，一些文献中可能会有介绍，告诉你那些氨基酸残基是活性作用的关键氨基酸。最好的应该是蛋白中有小分子配体，它所占据的腔一般就是活性位点腔，我们通常都是这样处理的，但是也不敢保证你的分子就一定是结合在这个腔内。分子对接嘛，其实就是一种手段而已，目前而言存在的缺陷还是很多的，比如对接的精度准确度等等，因为生物大分子实在是很复杂，生物体就更加复杂了。但是有时候分子对接可以用来解释一些化合物的活性结果等。总之，虽然问题很多，但是也可以作为辅助手段作为参考，聊胜于无~我也是新手，个人理解。 |
5楼2014-05-28 09:39:04
